雖然國內GMP法規和美國GMP法規的內容基本相同，都是針對藥品生產過程的三大要素——硬件系統、軟件系統和人員管理規定，但通過仔細對比，可以看出美國現行的GMP法規和我國的有明顯的差異。
由於我國目前實施的GMP法規是世衛組織規定的、適用於發展中國家的規範，所以從目錄中可以看出，我國的GMP對硬件的要求遠高於企業中的工廠設備，強調要避免汙染和交叉汙染，設備要與產品生產相適應。而美國的GMP更註重軟件管理，對生產過程中的軟件和人員要求更高，比如操作人員對自己在做什麽的理解，生產過程中如何處理突發事件等。美國FDA認為，由於生產設備的廣泛同質化，藥品生產的質量從根本上取決於員工的操作，因此人員在GMP管理中的作用比工廠設備更重要，強調人員責任制可以更好地保證藥品生產的質量。
在我國的GMP標準中，對註冊現場檢查員的資格(學歷)有詳細的規定，但對現場檢查員的具體職責限制較少。
因此，部分檢查人員會對相關文件、法律法規不熟悉，業務不精通，現場檢查不徹底、不細致，產生應對心理或依賴心理。但在美國的GMP標準中，要求現場檢查認證
人員資格要求簡潔明了，如“每壹個從事藥品生產、加工、包裝或倉儲的工作人員都應接受培訓、教育和實踐經驗，並完成所分配的全部職責”。同時嚴格細致地規定了檢查人員的職責，美國FDA的檢查人員權力很大，有資格判斷被檢查企業在符合L-health的GMP中所采取的各種操作是否符合現行GMP標準。
此外，在美國，FDA檢查員技術熟練，待遇優厚，工作比FDA其他官員更加獨立，已經形成了獨立的專家體系。然而，國內檢查員的級別和工資相對較低，並與其他SFDA官員甚至SFDA官員壹起工作，而不是獨立的。
中國和美國的GMP檢查方法不同。
據專家介紹，我國GMP標準要求檢查人員覆蓋各個方面，覆蓋面廣，沒有突出重點。藥品生產企業的很多具體操作，如設備確認與驗證、工藝驗證、分析方法驗證、無菌工藝驗證等影響產品質量的關鍵工序，都沒有詳細制定，往往導致檢驗人員忽視對這些關鍵環節的檢驗。比如檢測人員往往會根據現場的實際情況，拿出管理的幾個品種，檢索其主要成分。實際上，這種抽樣方法獲得的信息量很小，難免以偏概全，難以摸清企業的實際情況，為企業作弊提供了可乘之機。同樣，對生產管理的檢查也是脫節的。比如，檢查人員在生產現場往往看不到完整的批次生產記錄，無法了解生產的實際情況，無法發現企業的客觀缺陷。