“三司”指刑部、大理寺、都察院。它是受理和處理案件的國家機關，相當於現行的公檢法。
六扇門的工作職能與三司基本相同，都是以維護《大明法》為中心。不同的是，六門有秘密逮捕、秘密審判、秘密處決的特權，其性質相當於國民黨軍統局。
六扇門的原名叫做“三法司衙門”。因其衙門出口的特殊結構，被民間稱為“六門”。
明朝政府和衙門的建築結構很有講究。衙門的出口必須朝南。《增廣賢文》有句話:“八字衙門朝南，沒錢進不來。”
南方象征“臣服”，東方象征“大道”，所以古代宮殿大多朝東，而古代政府和衙門的大門必須朝南，以示對皇帝的忠誠。
六扇門的門朝南，那裏立著壹個大門。這個門並不是我們主觀認為的，而是壹個“門形的房子”。此宅進深三室，各有兩暗重門，六門，故名“六門”。
“六門”是古代衙門的最高規格。普通衙門只有兩個，州衙門只有四個，只有中央衙門才有資格當“六門”。
在明代，有資格配備“六扇門”的只有三法衙門，即六扇門。清朝只有“九知府”管理的“步軍統領衙門”才有資格，可見“六門”的權利和地位非同壹般。
六扇門中的捕快與普通衙門中的捕快有很大不同，因為六扇門所執行的任務極其特殊，所以六扇門中的捕快大多由武藝高超的大內侍衛和武學高手組成。每個捕手都有壹個特殊的腰牌。“六門”捕快執行公務期間，只要亮出腰牌，各省市衙門都要配合“六門”捕快辦案。
“六扇門”主要受理壹些重大案件，如調查叛亂、剿滅邪教組織、抓捕朝廷官員、執行江湖大案等。“六扇門”由朝廷直接指揮，除中央政府外，其他地方官員無權下令“六扇門”。
“六門”還有壹個特殊的作用，就是“臥底”，江湖上的“鹽幫”、“馬幫”、“水鹿壩子”等大型幫派，都有“六門”作為抓捕者。
這些幫派壹旦有反叛朝廷的傾向，“六門”就有權利直接剿滅，所以明朝各大江湖門派都有所耳聞。
六扇門因為手段兇狠，動作詭異，力量巨大，幾乎無處不在，所以時間久了，幾乎成了江湖上的壹股強大勢力。
萬歷年間，明神宗實行“壹條鞭子”的恐怖政策，民間反抗的聲音不絕於耳。作為壹個反恐反暴的司法組織，六門多次秘密鎮壓小規模的民間起義，得到了宗申的極大賞識。
崇禎年間，六扇門在“魏忠賢”壹案中表現出色，受到崇禎皇帝的表彰。明朝滅亡後，神秘的司法組織“六扇門”也隨之消失，成為江湖傳奇。