南京海事法院是全國第11號海事法院，管轄江蘇沿海水域和長江航道。南京海事法院下設綜合辦公室、政治部(監察室)、立案庭(訴訟服務中心、審判監督庭)、海事法庭、海事法庭、執行局(執行指揮中心)、司法警察支隊、機關黨委。為方便當事人訴訟，在各自轄區內的連雲港、南通、泰州、蘇州設立了派出法庭。
南京海事法院管轄範圍為江蘇省與山東省交界處至江蘇省與上海市交界處的延伸海域，江蘇省與安徽省交界處至江蘇省柳河口的長江幹流和支流水域，以及江蘇省行政區域內的港口和通航水域。
根據最高人民法院關於海事法院受案範圍的規定，南京海事法院受理下列第壹審案件:海事侵權糾紛、海事合同糾紛、與海洋及通航水域開發利用和環境保護有關的糾紛、其他海事糾紛、海事行政案件和海事特別程序。當事人不服南京海事法院作出的判決、裁定，提起上訴的，由江蘇省高級人民法院審理。
法律依據:
中華人民共和國海事訴訟特別程序法
第四條海事法院受理當事人因海事侵權糾紛、海事合同糾紛和法律規定的其他海事糾紛提起的訴訟。
第七條下列海事訴訟由本條規定的海事法院專屬管轄:
(壹)因沿海港口經營糾紛提起的訴訟，由港口所在地海事法院管轄；
(二)因船舶排放、泄漏、傾倒油類或者其他有害物質，在海上生產、作業或者拆解、修理船舶提起的訴訟，由汙染發生地、損害發生地或者采取防汙措施地的海事法院管轄。
(三)在中華人民共和國領域及其管轄海域內履行的海洋勘探開發合同糾紛提起的訴訟，由合同履行地海事法院管轄。