(1)辦公室
負責協調和監督機關的日常工作；負責辦公室文電、會議、機要、檔案、統計、政務公開、信息公開、新聞發布、信訪、安全保密工作。
(2)政治部門(警察部門)
指導和監督司法行政隊伍建設；負責機關及下屬單位的人事工作和機構編制；承擔司法行政系統的警務管理和警務監督工作；考核協管幹部，提出任免和交流意見；負責機關和司法行政系統幹部的教育培訓工作；負責離退休人員的管理和服務。
(三)法制宣傳處(自治區依法治國領導小組辦公室)
制定自治區法制宣傳教育計劃並組織實施；負責司法行政系統的宣傳工作；指導、檢查普法和依法治理工作；指導法制報道和對外法制宣傳。
(四)律師公證工作指導辦公室
指導和監督律師、公證員執行法律、法規、規章和政策；承擔對律師、律師事務所、公證員、公證員的指導和監督；承擔執業律師執業考試；承擔在寧港澳律師的管理工作；承擔律師事務所在外省設立分所的指導和監督工作；承擔企事業單位法律顧問的指導和監督工作；承擔國家統壹司法考試的組織實施工作。
(5)法律援助工作管理辦公室(法律援助中心)
指導和檢查法律援助法律、法規和政策的實施；承擔對法律援助機構和法律援助人員的監督管理；指導社會組織和誌願者開展法律援助工作。
(6)基層工作指導辦公室
指導和監督司法所、人民調解、社區矯正和基層法律服務；指導和監督刑滿釋放人員和解除勞動教養人員的安置工作。
(七)司法鑒定管理辦公室(法制辦公室、行政審批辦公室)
組織實施司法鑒定管理的規章制度和技術規範，並進行監督檢查；負責自治區司法鑒定人和司法鑒定機構的登記管理工作；負責自治區級司法鑒定機構的遴選和管理；指導面向社會的司法鑒定人的資格管理、質量管理和專業教育培訓工作；指導司法系統依法行政和仲裁機構的登記管理工作；承辦行政審批、行政復議等法律事務。
(8)財務和設備司
指導司法行政系統的財務、物資裝備和基本建設管理工作；負責財務管理和國有資產管理；負責司法行政系統警車和警服的調配和管理。
紀委(監察室)。負責機關及下屬單位的紀檢監察和行政監察工作。
機關黨委。負責機關黨建工作，指導下屬單位黨群工作。