《土地管理法》第六十二條規定，農村村民建房應當符合鄉(鎮)土地利用總體規劃，盡量使用原有宅基地和村內戶長。
《國土資源部關於加強農村宅基地管理的意見》第十項規定，農村村民新建、改建、擴建住宅，應當充分利用村內宅基地、舊宅基地、荒地、廢棄地。凡村內有庫嘎查和舊宅基地未利用的，不得批準占用耕地。利用村內鄉、舊宅基地建住宅，也必須符合規劃。據此，農村村民未經批準在農用地上建房將面臨兩種後果:壹是房屋本身違法，征收時原則上不予補償；二是建設本身涉嫌非法占用土地，當地國土部門有權依據《土地管理法》第七十七條、第八十三條的規定，責令退還非法占用的土地，限期拆除新建房屋。逾期不起訴自行拆除的，國土部門有權依法申請人民法院強制執行，即房屋最終可能面臨被司法強拆的厄運。
自建房建在宅基地上的，應區別情況處理:
首先需要明確的是，即使是在自己已經登記發證的宅基地範圍內，農村村民也不能隨意新建、擴建房屋。蓋房子必須審批，這是基本原則。
根據《城鄉規劃法》的規定，在鄉、村莊規劃區內使用原有宅基地建設農村村民住宅的規劃管理辦法，由省、自治區、直轄市制定。《北京市城鄉規劃條例》規定，規劃農村地區，村民可以利用原有宅基地建設村民住宅，可以實行規劃許可管理。規劃許可管理應以村莊規劃為基礎，管理與服務相結合，發揮村民委員會的作用。具體辦法應由市人民政府制定。
據此，有壹點是明確的:農村村民要用自己的宅基地建新房，實行規劃許可管理。也就是說，未經規劃許可審批，未取得鄉村建設規劃許可證，直接建房，在嚴格的法律意義上是違法的。
如何在農村合法建房？
《國土資源部關於加強農村宅基地管理的意見》第(六)項規定，農村村民需要使用宅基地建房的:
應當向集體經濟組織提出申請；
並在集體經濟組織或村民小組張榜公布；
公示期滿無異議的，報鄉(鎮)審批，再報縣(市)審批；
宅基地依法批準後，農村集體經濟組織或者村民小組應當及時張榜公布批準結果。
第(七)項進壹步規定，在宅基地審批過程中，鄉(鎮)國土資源管理所應當做到“三在場”。即:
1.受理宅基地申請後，要去實地審查申請人是否符合條件，擬用地是否符合規劃；
2.宅基地依法批準後，應當實地丈量和核定；
3.村民住宅建成後，要去實地查看是否按照批準的面積和要求使用土地。