農村垃圾主要由城鄉環境衛生行政主管部門管理，鄉鎮人民政府負責處理。國務院環境保護部監督管理全國環境保護工作；縣級以上地方人民政府環境保護主管部門，對本行政區域內的環境保護工作實施監督管理。
垃圾汙染的，由縣級以上人民政府環境保護主管部門或者其他負有大氣環境保護監督管理職責的部門責令改正，處2萬元以上20萬元以下罰款，構成違反治安管理行為的，由公安機關依法處罰。
農村生活垃圾由縣級環境保護主管部門負責管理。按照“戶收集、村收集、鄉運、縣處理”的模式，農村生活垃圾需要由鄉鎮人民政府進行處理，並由縣級城鄉環境衛生行政主管部門進行監督管理。國務院環境保護主管部門對全國環境保護工作實施統壹監督管理；縣級以上地方人民政府環境保護主管部門對本行政區域的環境保護工作實施統壹監督管理。縣級以上人民政府有關部門和軍隊環境保護部門依照有關法律的規定，對資源保護、汙染防治等環境保護工作實施監督管理。縣級以上人民政府環境保護主管部門及其委托的環境監測機構和其他負有環境保護監督管理職責的部門，有權對排放汙染物的企業事業單位和其他生產經營者進行現場檢查。被檢查者應當如實反映情況，提供必要的資料。實施現場檢查的部門、機構及其工作人員應當為被檢查者保守商業秘密。
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法律依據:《中華人民共和國環境保護法》第十條。
國務院環境保護主管部門對全國環境保護工作實施統壹監督管理；縣級以上地方人民政府環境保護主管部門對本行政區域的環境保護工作實施統壹監督管理。
縣級以上人民政府有關部門和軍隊環境保護部門依照有關法律的規定，對資源保護、汙染防治等環境保護工作實施監督管理。
《中華人民共和國環境保護法》第二十四條
縣級以上人民政府環境保護主管部門及其委托的環境監測機構和其他負有環境保護監督管理職責的部門，有權對排放汙染物的企業事業單位和其他生產經營者進行現場檢查。被檢查者應當如實反映情況，提供必要的資料。實施現場檢查的部門、機構及其工作人員應當為被檢查者保守商業秘密。