《公司法》和《農民專業合作社法》在某種程度上是相似的，比如兩者都具有法人資格，成員或股東對組織的責任是有限的，組織結構也是相似的。但在宗旨、設立門檻、會員要求、出資和退股原則、註冊要求等方面存在顯著差異。合作社以互助為目的，主要為成員提供服務，公司以盈利為目的。成立合作社門檻低，不強制出資，農民至少占80%，而公司有最低註冊資本要求。合作社成員可以自由退出合作社，但不能轉讓出資和社員資格，公司股東不能退股，只能轉讓股份。最後，在工商行政管理部門註冊合作社是免費的，而註冊公司需要按註冊資本總額的比例收費。
農民專業合作社法的基本原則；
1.農民專業合作社的定義和宗旨:農民專業合作社是農民自願組成的，以農業生產經營為基礎的互助合作經濟組織；其宗旨是服務會員，提高農業生產效率，增加農民收入；
2.成員的權利和義務:法律規定了合作社成員的權利，如參與決策、選舉和被選舉的權利，以及遵守合作社章程、履行合作協議等義務。
3.合作社的組織和管理:包括合作社最高權力機構、執行機構和監事會的設立、職責和運作方式；
4.財務管理和分配原則:明確合作社的資金來源、財務管理規則和利潤分配；
5.合作社的合並、分立和解散:規定了特定情況下合作社合並、分立或解散的程序和條件；
6.法律責任:法律對違反農民專業合作社法的行為規定了相應的法律責任，包括行政責任和刑事責任；
7.監督管理:國家對農民專業合作社的活動進行監督管理，確保其合法、規範運作。
綜上所述，農民專業合作社法與公司法在法人資格、有限責任、組織結構等方面雖有相似之處，但在宗旨、設立門檻、成員資格、資金獲取、登記程序等關鍵方面存在明顯差異，體現了合作社的互助性質和對農民成員的特殊照顧，如合作社以服務成員為宗旨、門檻低、成員可自由退出、公司追求利潤、最低資本要求、股東權利轉讓機制等商業屬性。
法律依據:
中華人民共和國農民專業合作社法
第壹
為了規範農民專業合作社的組織和行為，鼓勵、支持和引導農民專業合作社的發展，保護農民專業合作社及其成員的合法權益，促進農業和農村現代化，制定本法。