首先，停止破壞和調查。
壹旦發現基本農田遭到破壞，應立即采取措施制止破壞，防止破壞進壹步擴大。同時啟動調查程序，查明破壞行為的事實、性質、責任主體等關鍵信息。
第二，依法追究法律責任
根據調查結果，對破壞基本農田的責任人將依法懲處。根據《中華人民共和國土地管理法》等相關法律法規，對破壞基本農田的行為，可以給予罰款、沒收違法所得等行政處罰。破壞活動構成犯罪的，也要依法追究刑事責任。
三。補償損失和恢復農田原狀
責任人應當賠償破壞造成的經濟損失，包括農田減產損失和生態環境破壞損失。同時，責任人還應當承擔恢復耕地原狀的義務，按照有關部門的要求進行土地復墾和恢復，確保耕地能夠重新投入生產。
第四，加強監督和宣傳教育
為防止類似破壞行為的再次發生，應加強對基本農田的監管，建立健全巡查制度，及時發現和處理違法行為。同時，加強宣傳教育，提高公眾對基本農田保護的認識和重視程度，形成全社會保護基本農田的良好氛圍。
總而言之:
壹畝基本農田被破壞的處理方式包括停止破壞、依法追究法律責任、賠償損失和恢復農田原狀、加強監管和宣傳教育。這些措施旨在保護基本農田的完整性和穩定性，維護國家糧食安全和生態環境安全。
法律依據:
《中華人民共和國土地管理法》
第37條規定:
禁止任何單位和個人占用基本農田發展林果業和挖塘養魚。
《中華人民共和國土地管理法》
第75條規定:
違反本法規定，占用耕地建窯、建墳，或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采礦、取土，破壞種植條件，或者因土地開發造成土地沙化、鹽漬化的，由縣級以上人民政府自然資源主管部門、農業農村主管部門責令限期改正，可以並處罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
《中華人民共和國土地管理法實施條例》
第51條規定:
違反《土地管理法》第三十七條規定，非法占用永久基本農田發展林果業或者挖塘養魚的，由縣級以上人民政府自然資源主管部門責令限期改正；逾期不改正的，按占用面積處耕地開墾費2倍以上5倍以下罰款；對破壞種植條件的，責令限期恢復種植條件或者委托他人代為恢復種植條件，所需費用由違法者承擔。