第二十壹條密雲縣、懷柔縣人民政府和京密引水渠沿線其他區縣人民政府的職責:
(壹)按規定加強對兩庫壹渠水源保護和管理的領導，按照《北京城市總體規劃》的要求，保護水源，發展經濟；
(二)建立健全實施本條例的責任制，監督檢查本區、縣各部門落實責任制的情況；
(三)嚴格控制兩庫壹渠壹級保護區範圍內人口的機械增長。加強庫區移民搬遷，妥善安排庫區移民生活。密雲縣人民政府應當按照市人民政府的統壹部署，有計劃地組織密雲水庫壹級保護區內的人口搬遷工作；
(四)宣傳教育人民群眾自覺遵守水源保護法律法規。
第二十二條市和相關區縣環保局按照規定的職權，負責對兩庫壹渠水源保護管理進行監督檢查，審批建設項目環境影響報告書(表)，參與建設項目竣工驗收，組織水質監測網絡，匯總監測數據，定期向同級人民政府報告水質情況，負責調查處理水汙染糾紛和事故。
第二十三條市規劃管理局應當依法對兩庫壹渠保護區內的建設項目進行統壹規劃管理。對按規定可以在壹、二級保護區內建設的建設項目，要嚴格審批，建設項目的選址和選址審批必須先征得市環保局同意。
三級保護區內建設項目的規劃管理，由市和區、縣規劃環境保護管理部門依照有關法律法規審批。
第二十四條市水利局的職責:
(壹)領導兩庫壹渠管理處做好水源保護和管理工作；
(二)參與兩庫壹渠水質保護規劃和汙染防治計劃的制定；
(三)監測兩庫壹渠的水質，向市環保局提供水質水文資料；
(四)每年壹至二次會同市環保局對兩庫壹渠水質進行評價；
(五)兩庫壹渠管理處應當合理布置水庫水質監測點，定期監測水質，對進入保護區的人員進行宣傳教育，並對漁民進行管理。
第二十五條市公用事業局應當會同市水利局、市衛生局在密雲水庫、懷柔水庫飲用水取水口周圍劃定衛生保護區，並采取嚴格的管理措施，加強水質監測，確保飲用水符合國家生活飲用水衛生標準。取水口衛生保護區水質受到汙染時，應當采取應急措施，並立即向市人民政府報告。
第二十六條市公安局應當加強兩庫壹渠治安秩序管理和治安工作，維護兩庫壹渠飲用水水源的公共安全。
第二十七條兩庫壹渠的保護管理堅持統壹領導、個人負責、協調配合的原則。管理部門應當密切配合，通力合作，按照本條例規定的職責建立和落實管理責任制，不斷提高管理水平。
第二十八條市人民政府設立水庫移民發展基金，具體辦法由市人民政府制定。