1，被告承擔舉證責任是依法行政原則的應有內涵。依法行政原則是行政法的基本原則。依法行政原則要求行政機關依法行使行政職權，不得與法律相抵觸。行政機關不僅要依據實體法作出行政行為，還要依據程序法，即行政行為必須符合法定程序。行政行為符合法定程序的壹個最基本的規則是“先收集證據，後作出裁決”，即行政機關在作出裁決之前，應當充分收集證據，但要根據事實和法律作出裁決，而不是在沒有證據的情況下作出針對公民、法人或者其他組織的行政行為。因此，當行政機關作出的行政行為被訴至法院時，應當有充分的證據證明其合法性。這是被告在行政訴訟中承擔舉證責任的基礎。
2.行政機關作為被告，與原告相比具有舉證優勢。在行政程序中，行政機關處於主動地位，壹般情況下，其意思的單方表示可以引起行政法律關系的發生、變更或消滅；而公民、法人或其他組織則處於被動地位。由於雙方在行政法律關系中的地位不同，原告無法或者難以收集證據，即使收集到也可能難以保全。在壹些具體案件中，原告甚至幾乎沒有舉證能力。與原告相比，具有專業知識和技術條件的行政機關具有更優越、更現實、更充分的舉證能力。正如拉丁法律諺語所說，“法律不是強制性的”。因此，從舉證難度來看，由被告承擔舉證責任是公平合理的。
3.由被告承擔舉證責任並不違反“誰主張、誰舉證”的壹般原則，而是這壹原則在行政訴訟領域的特殊體現。從形式上看，原告似乎處於主張者的地位，主張某壹具體行政行為違法。但從事物的內在規定性來看，“違法性”是對“合法性”的否定。合法是正面事實，違法是負面事實。積極事實是肯定自己，否定壹切外部事實，範圍小，容易記憶；否定事實是否定自身，肯定壹切外部事實，範圍大，舉證難。從公平原則和揭示案件真相的理想要求出發，立法者通常規定由主張積極事實而非消極事實的當事人承擔舉證責任。再看行政訴訟程序與之前行政程序的銜接，作出具體行政行為的是被告的行政機關，被告的行政機關當然應該舉證證明其主張成立。
4、被告承擔舉證責任，有立法政策考慮和行政指導。如前所述，從法律設定舉證責任的目的來看，主要是解決在案件事實不清的情況下，法院應當如何作出判決的問題，即解決這種不清狀態所導致的不利訴訟結果的歸屬問題。在訴訟中，法院要依據相關實體法確認當事人所主張的權利或法律關系的存在，而這種確認必須通過判斷某些案件事實的存在來完成。但是，並不是所有的事實都能查明，真相不明是必然的客觀存在。在真相不明的情況下，訴訟不能無限期拖延，法院仍需適用法律對案件進行裁判。隨之而來的問題是，法院應該假設未知事實存在還是不存在？這是做裁判之前必須要做的選擇。解決這壹棘手問題的合理途徑是設立推定規則，即當基本事實(已知事實)存在時，法律推斷另壹事實(未知事實)的存在或不存在。
法律依據:
中華人民共和國行政訴訟法
第三十四條被告對行政行為負有舉證責任，應當提供該行政行為及其所依據的規範性文件的證據。
被告不提供證據或者無正當理由逾期不提供證據的，視為沒有相應的證據。但是，被訴行政行為涉及第三人合法權益的，第三人提供證據的除外。