第壹階段，神啟式的證據制度，有些被稱為神判，在原始社會末期、奴隸社會和封建社會初期生產力低下，適用於當時的控告(彈劾)訴訟制度。“神啟”成為人類歷史上最早的原始證據體系。其主要特征是通過神的啟示來判斷訴訟的是非。它的方法包括燒鐵、煮湯、決鬥、抽簽等等。
第二階段，法定證據制度，又稱形式證據制度，適用於封建社會當時的糾問式訴訟制度，成為比較流行的證據制度。其主要特征是，法律事先機械地規定了證據的收集、證據的可靠性、證明力等各種形式規則，並不需要對證據本身的真實情況進行分析判斷。只需要以法律規定的各種證據的可靠度的百分比為基礎。機械計算就可以了。證據可分為完整、不完整、不完整、大部分完整等。幾個不完整的證據可以加在壹起形成壹個完整的證據。被告人的供述，不管是自動供述還是刑訊逼供，只要是親自供述的都可以。
在中國封建社會，訴訟方式以審判長裁判為主，輔以刑訊逼供至上的法定證據制度。刑訊逼供的條件、程序、工具都是法律規定的，而刑訊的工具通常是法律規範的“棍子”。法定證據制度要求更周到的證據形式，在壹定程度上限制了審判長的隨意性，比神判證據制度進步了壹大步。但是，這種客觀公正的假象，使得有罪推定和獲得的口供。
第三階段，自由心證證據制度，又稱心證證據制度，適用於資本主義社會的辯論式訴訟制度，取代了封建社會盛行的法定證據制度。法律沒有事先機械地規定證據收集、可靠性、證明力的標準，法官要根據案件的審理情況，結合法律素養、法庭經驗和心理良知。自由心證原則最早由法國制憲會議於1791年通過，並於1808年寫入《刑事訴訟法》。後來被大陸法系國家廣泛采用，至今仍然有效。壹些國家對自由心證的形成規定了壹些限制。在英美法系國家的證據規則中，沒有自由心證(或內心確信)，而是實際貫徹了壹系列判例形成的形式證據規則與自由心證相結合的原則。北洋政府和民國政府也采取自由心證原則。自由心證制度體現了人道主義精神和法律面前人人平等的原則，強化了辯護權對抗起訴權，民主文明，符合程序正義和實體正義的要求。但是，它對法官的素質要求更高。
證據制度和訴訟制度同樣有著悠久的歷史，但仍有許多理論和實踐問題難以解決。特別是在中國加入WTO後的社會主義市場經濟環境下，行政證據問題是壹個非常棘手的新課題。最高人民法院《關於行政訴訟證據若幹問題的規定》不采用法定證據制度，而傾向於自由心證制度。但是，這種自由心證並不是任意的。而是采用了現代理論研究的成果和WTO的現代法治理念和正當程序，規定了相對完善和嚴格的規則作為保障。這種現代自由心證與預定規則相結合的證據原則，無疑是工商行政執法的證據原則。