因為對外的賬目是給稅務局的，是根據發票來記錄的，比較規範，能真實反映公司的財務狀況。相比之下，內部賬目記錄的是公司所有的財務狀況，包括壹些沒有開具發票的收入和費用，可能會有壹些不規範的地方。所以稅務局壹般會先查外賬，如果有疑問或問題，再深入查內賬。
稅務機關查稅的基本程序是:
1，案件選擇，根據案源信息進行篩選，決定是否立案；
2.立案；
3、檢查結果制作《稅務檢查報告》，實施檢查之日起60日內完成，確需延長檢查時間的，應當經稽查局局長批準；
4.審理和檢查結束後，檢查部門應當在5個工作日內將稅務檢查報告、稅務檢查工作底稿及相關證據材料移交審理部門審理，並辦理交接手續。
綜上所述，稅務局主要檢查收入、成本費用、合同。合同:查詢雙方簽訂合同的具體內容，從企業實際經營範圍和需求出發，核查是否存在異常交易；成本:主要是成本結轉與收入是否匹配，是否有多次結轉；收入:主要是檢查是否所有應入賬的項目都入賬了，特別是是否還有應確認為收入而未入賬的往來款項。
法律依據:
中華人民共和國稅收征收管理法
第五十五條
稅務機關依法對上壹納稅期間從事生產、經營的納稅人進行稅務檢查時，發現納稅人有逃避納稅義務，轉移或者隱匿其應稅商品、貨物和其他財產或者應稅收入的明顯跡象的，可以依照本法規定的批準權限采取稅收保全措施或者強制執行措施。
第五十六條
納稅人、扣繳義務人必須接受稅務機關依法進行的稅務檢查，如實反映情況，提供有關資料，不得拒絕或者隱瞞。
第五十七條
稅務機關依法進行稅務檢查時，有權向有關單位和個人調查納稅人、扣繳義務人及其他與納稅或者代扣代繳、代收代繳稅款有關的當事人，有關單位和個人有義務向稅務機關如實提供有關情況和證明材料。