最高法院和最高人民檢察院是國家最高司法機關，最高人民法院是國家最高司法機關，主要負責司法實踐和法律的司法解釋。
最高人民檢察院是國家最高檢察機關，是國家的專門監督機關。在刑事訴訟中，檢察院充當公訴機關。
另外，司法部是國務院的下屬部門，部長由國務院會議選舉產生；最高人民法院院長和最高人民檢察院檢察長由全國人民代表大會每五年選舉壹次。
擴展數據:
司法部是行政機關，兩所大學是司法機關，性質不同。
司法部主要承擔以下職能:
(壹)擬訂司法行政工作的方針政策，起草有關法律法規，制定部門規章，制定司法行政工作發展規劃並組織實施；
(二)負責管理全國監獄並承擔相應責任，監督管理刑罰執行和罪犯改造工作；
(三)負責指導和監督司法行政系統戒毒場所的管理工作；
(四)擬定全民普法規劃並組織實施，指導各地、各行業的法制宣傳、依法治理和對外法制宣傳；
(五)負責指導和監督律師和公證工作，並承擔相應責任，負責港澳律師作為委托公證員的委托和管理；
(六)監督管理全國的法律援助工作；
(七)指導和監督基層司法所建設和人民調解、社區矯正、基層法律服務和幫教工作；
(八)組織實施國家司法考試；
(九)負責全國司法鑒定人和司法鑒定機構的登記管理工作；
(十)參與有關國際司法協助條約的起草和談判，履行司法協助條約規定的中央機關的相關職責；
(十壹)指導司法行政系統的對外交流與合作，組織和參與聯合國預防犯罪組織與刑事司法領域的交流活動，承辦涉港澳臺司法行政事務；
(十二)負責司法行政系統槍支、彈藥、服裝和警車的管理，指導和監督司法行政系統的財務規劃；
(十三)指導和監督司法行政隊伍建設和思想作風、工作作風建設，負責司法行政系統的警務管理和警務監督，協助省、自治區、直轄市司法廳(局)領導幹部管理工作；
(十四)承辦國務院交辦的其他工作。
參考資料:
百度百科-中華人民共和國和司法部