辦公廳:負責文秘工作和檔案管理、財務管理、人事管理、局域網建設、行政後勤管理和綜合服務與保障工作，維護中央機構正常有序運行。組織編寫《法律援助快報》、《法律援助工作半月刊》、《中國法律援助年鑒》，負責法律援助統計工作。
業務指導辦公室:負責起草與法律援助相關的工作方針、政策、規章制度和工作計劃；指導和監督各地依法正確開展各項法律援助業務；研究起草法律援助的法律、法規、規章和規範性文件；監督管理協會的法律援助工作；指導和組織辦理影響較大的法律援助案件；組織交流各地開展法律援助工作的經驗；組織編寫《中國法律援助》月刊。
研究室:負責法律援助工作的調研和政策討論；研究法律援助工作動態，調查研究法律援助工作中帶有普遍性、傾向性的問題，提出解決方案；指導法律援助制度的調查研究；受司法部委托，組織起草法律援助法律、法規和規章；指導地方法律援助立法；負責協調處理全國人大、政協關於法律援助的提案和議案的答復工作；審計中心發布的政策文件。
培訓部:負責制定法律援助人員的培訓規劃和工作計劃；負責組織編寫並不斷完善法律援助工作的培訓大綱和培訓教材；負責組織和培訓法律援助培訓教師；負責培訓省級法律援助機構人員和地市級法律援助機構負責人；指導各地基層法律援助人員的培訓工作。
宣傳部:負責以多種形式宣傳法律援助制度，宣傳法律援助工作；起草中心年度宣傳計劃，確定宣傳重點；負責與相關宣傳部門和中央新聞媒體的聯絡；負責組織、協調和指導法律援助制度的宣傳工作；負責組織、協調和指導法律援助誌願者工作；負責評選和表彰全國法律援助先進集體和個人；負責法律援助網站的建設和管理。
對外交流與合作部:負責組織法律援助的對外交流與合作；制定對外交流與合作計劃；指導和監督法律援助系統的對外交流與合作；收集和編輯國外法律援助信息；參與國外法律援助制度和實踐的研究，為法律援助工作的開展提供國外經驗和信息支持；負責與國外相關機構的聯系，參與對外合作項目的談判和協調，起草合作協議；負責組織實施對外合作項目，並監督檢查項目實施情況；負責接待相關國外機構和人員；負責為中心邀請的外籍人員辦理相關簽證手續，為海外人員提供法律援助。