(二)查出的“小金庫”問題，應按現行會計制度處理，不得抵扣應納所得稅。
(三)“小金庫”資金中已用於職工獎勵、補貼、津貼和分配物品的部分，全額計入個人收入，照章征收個人所得稅。
對私設“小金庫”的問題，在嚴格進行經濟處罰的同時，要根據不同情況，給予單位處分，嚴肅追究單位主要領導、主管領導、直接責任人和經辦人的黨紀政紀責任。
對私設“小金庫”的相關責任人，根據數額和情節給予紀律處分。數額較小，情節輕微的，給予黨內警告或者；數額較大且情節嚴重的，給予或者給予行政記大過處分；數額巨大，情節嚴重的，給予行政或者開除公職處分。
私設“小金庫”的有關領導和直接責任人員，有下列情形之壹的，從重或者加重處分:
1.私設“小金庫”造成偷稅漏稅或者截留應當上繳國家的財政收入的；
2.花“小金庫”裏的錢請客、送禮、旅遊、亂發獎金、購買社會群體購買力特別控制的商品等。；
3.個人或少數人貪汙、挪用或利用“小金庫”資金進行行賄等活動；
4.重復調查、幹擾、拒絕、對抗檢查和調查、偽造、隱匿、銷毀賬目和憑證等。
法律依據:《中華人民共和國刑法》
第二百七十壹條公司、企業或者其他單位的工作人員，利用職務上的便利，將本單位的財物非法占為己有，數額較大的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處罰金；數額巨大的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處罰金；數額特別巨大的，處十年以上有期徒刑或者無期徒刑，並處罰金。
國有公司、企業或者其他國有單位中從事公務的人員和國有公司、企業或者其他國有單位委派到非國有公司、企業或者其他單位從事公務的人員有前款行為的，依照本法第三百八十二條、第三百八十三條的規定定罪處罰。
第三百八十二條國家工作人員利用職務上的便利，貪汙、盜竊、詐騙或者以其他方法非法占有公共財物的，是貪汙罪。
受國家機關、國有公司、企業、事業單位、人民團體委托經營管理國有財產的人員，利用職務上的便利，貪汙、盜竊、騙取或者以其他方式非法占有國有財產的，視為貪汙。
與前兩款所列人員串通，勾結貪汙的，以* * *犯論處。