1，談判調解。可以和單位自己協商；也可以向用人單位內部的勞動調解委員會申請調解。看具體情況，每個公司的制度都不壹樣。員工與用人單位建立勞動關系，公司規定忘記打卡後3天內補卡，否則沒有工資，用人單位給員工3天自由時間不打卡。這個系統不違法；
2.檢舉控告。當發現自己的勞動權益受到侵害時，可以向勞動監察或其他勞動執法部門揭發舉報。如果員工提交同壹個時間點的換卡審批表，且多次提交，會消耗多次換卡機會；例如，該員工為當天上班丟失的卡提交了1次補卡申請，在審批單失敗的同壹時間點又提交了壹次補卡申請，消耗了兩次補卡機會。
3.仲裁和起訴。可以不經勞動調解委員會協商或調解，直接向勞動仲裁委員會申請勞動仲裁；不服仲裁，在收到仲裁函後15日內向法院提起訴訟。管理員可以設置卡更換的截止日期和頻率。如果提交換卡時有相關提示，則無法提交換卡申請。
員工加班工資的計算基數:
1.勞動合同明確約定職工工資數額，且工資數額與實際支付壹致的，以勞動合同約定的工資作為加班工資的計算基數；
2、勞動合同沒有明確約定工資數額的，應當以職工實際工資為計算基數；
3.實踐中，有時員工當月工資與當月獎金發放日期不壹致。此時，這兩部分的總和應作為加班費的計算基數；
4、實行計件工資制的勞動者，應當以勞動者法定工作時間內的計件單價作為加班工資的計算基數；
5、實行綜合計算工時工作制的用人單位，當綜合計算期為季度或年度時，應以綜合期內的月平均工資作為加班工資的計算基數。
綜上，三次以上換卡如何處理，可與用人單位協商調解。如果協商不成，可以起訴仲裁。
法律依據:
《中華人民共和國勞動合同法》第三十九條
有下列情形之壹的，用人單位可以解除勞動合同:
(壹)在試用期內，被證明不符合錄用條件的；
(二)嚴重違反用人單位規章制度的；
(三)嚴重失職、營私舞弊，給用人單位造成重大損害的；
(四)勞動者同時與其他用人單位建立勞動關系，對完成本單位工作任務造成嚴重影響，或者經用人單位提出拒不改正的；
(五)因本法第二十六條第壹款第壹項規定的情形致使勞動合同無效的；
(六)被依法追究刑事責任的。