人們從無數事實中認識到，有血緣關系的男女結婚時，後代的死亡率很高，往往會出現癡呆、畸形和遺傳病。這是因為有血緣關系的夫婦從他們的祖先那裏獲得了更多相同的基因。容易使不利於後代生存的有害基因相遇並集體(遺傳學上稱為純合)，從而加重有害基因對後代的危害，所以容易生出質量差的孩子。據世界衛生組織估計，人群中每個人攜帶約5-6種隱性遺傳病。在隨機婚姻中，由於夫妻雙方沒有血緣關系，相同的基因很少，而且攜帶不同的隱性致病基因。假設丈夫攜帶的隱性致病基因為A、B、C、D、E；妻子攜帶H、S、F、G、m，這就很難形成隱性致病基因的純合子(患者)。近親結婚，很可能夫妻雙方都攜帶相同的隱性致病基因，而當丈夫攜帶A、B、C、D等隱性致病基因時，妻子也會攜帶這些基因，這樣就容易形成隱性致病基因的純合子(即患者)，增加後代遺傳病的發生率。下面列出了幾種隱性遺傳病。近親結婚的後代發生率是隨機結婚(非近親結婚)的後代發生率的倍數(表11-2)。
表2近親結婚和隱性遺傳病的發生率
疾病名稱隱性遺傳病子女出生風險率表兄弟姐妹結婚和
隨機結婚
相對風險
隨機結婚，表親結婚
先天性聾啞1: 11，800 1: 1，500 7.8倍。
苯丙酮尿癥1:14500 1:1，700 8.5倍。
著色性幹皮病1:23000 1:2200 10.5倍。
小口癥1:32000 1:2600 12.2倍。
系統性白化病1:40000 1:3600 13.5倍
色盲1:73000 1:4100 17.9倍。
小頭畸形1:77000 1:4200 18.3倍。
威爾遜氏病1:87000 1:4500 19.4倍。
無過氧化氫酶貧血1:160000 1:6200 26.0倍。
癡呆黑蒙1:310000 1:8600 35.7倍。
先天性魚鱗病1: 1，000，000 1: 1，6000 63.5倍。
此外，有統計顯示，近親所生子女的發病率明顯高於非近親所生子女，如高血壓、精神分裂癥、先天性心臟病、無腦兒、脊柱裂、癲癇等多基因遺傳病或先天畸形。
近親結婚的後代大多身心素質較差。據悉，上海崇明縣壹對表姐妹結婚，生下壹個女孩。18歲時，她只有70 cm長，上肢20.5 cm，下肢30 cm，體重13 kg。在大連長海縣(島)等地的優生調查中發現，近親結婚較為普遍。基因缺陷隨處可見。其中，光祿鄉的壹對王興夫婦三代都是近親。他們是表親，生了七個孩子。除了1，其他6個都有不同程度的異常。老大從小就笨，早年就死了。老二今年32歲，正常3-4歲孩子的大小，睡在炕上已經很多年了。