1.不起訴只能在犯罪嫌疑人不構成犯罪或者雖構成犯罪，但依照法律規定不應當追究刑事責任的情況下使用；免予起訴，是指被告人的行為已經構成犯罪，只有在負刑事責任的前提下才能使用，只是因為刑法規定不需要處罰或者可以免除處罰；
2.不起訴是法律明確規定的。只要有法律規定的不追究刑事責任的情形之壹，人民檢察院應當作出不起訴決定；適用免予起訴需要人民檢察院根據案件具體情況，考慮法律規定決定。
不起訴決定的適用範圍是:
1，情節明顯輕微，危害不大，不認為是犯罪；
2、犯罪已過追訴時效期限；
3.通過特赦免除處罰；
4、依照刑法處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的；
5.犯罪嫌疑人死亡的；
6.其他法律免除被告的刑事責任。對於不起訴的案件，應當作出不起訴決定。
免予起訴只適用於符合下列條件的被告人:
1，被告人的行為觸犯了刑法，構成犯罪；
2、具有刑法規定的不需要判處刑罰或者免除刑罰的情形。
綜上，免於起訴與不起訴的區別在於:不起訴適用於無刑事責任，免於起訴適用於有刑事責任；不起訴是法律明確規定的，免予起訴是由檢察院根據案件的具體情況來判斷的。
法律依據:
《中華人民共和國刑事訴訟法》第十六條
依法不起訴原則是有下列情形之壹的，不追究刑事責任，已經追究的，應當撤銷案件，或者不起訴，或者終止審理，或者宣告無罪:
(壹)情節明顯輕微，危害不大的，不認為是犯罪；
(二)犯罪已過追訴時效期限的；
(三)被大赦令免除處罰的；
(四)依照刑法應當告訴才處理的犯罪，不告訴或者撤回的；
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
(六)其他法律、法規規定免予追究刑事責任的。