機構與機構之間也有區別。派出機構是政府或政府部門依法設立的具有獨立承擔法律責任能力的機構，不隸屬於壹級政府。具有法人資格，是其法定職責範圍內的行政主體。比如街道辦事處是區政府的派出機構，國務院省級人民政府批準的開發區管理機構壹般認為是其所屬政府的派出機構。曾經有壹種觀點認為，開發區管理機構只是派出機構，不是派出機構。但最高人民法院2018《關於適用〈中華人民共和國行政訴訟法〉的解釋》第21條，以是否經國務院或省政府批準設立為標誌，實質上將經國務院或省政府批準設立的開發區管理機構認定為派出機構。壹些地方立法，如江西省開發區條例，
代理機構是指由行政機關派遣到所管轄的某壹地區，不具有法人資格(不具備獨立承擔法律責任的能力)的機構。比如派出所是縣公安局的派出機構，市場監管所是縣市場監管局的派出機構。壹般來說，派出機構以其下屬行政機關的名義開展活動，相關法律責任也由其下屬行政機關承擔。壹般來說，他們不具備行政主體資格。但是，當法律、法規或者規章明確授權行政機關的派出機構以自己的名義行使行政權力、履行行政職責時，該派出機構在履行相關職責時屬於行政主體。但根據《行政處罰法》第十五條、第十七條的規定，機關以自己的名義實施行政處罰(成為行政處罰實施主體)，必須有法律法規的明確授權，規章不得授權行政機關以外的組織以自己的名義實施行政處罰(如有，只能視為行政委托)。換句話說，行政機關的行政主體資格本質上是基於行政授權而非行政委托。