制定本系統年度工作計劃和相關工作制度；組織重要文稿的起草和審核；負責文電、機要、會議、檔案、督查、信訪、保密、穩定和應急工作；承辦面向社會的稅收宣傳、新聞發布、政務公開和政府信息公開工作；承擔網站的運行和維護；管理機關的財務和其他行政事務；組織辦理全國人大代表的議案和建議以及CPPCC委員的提案。
(2)政策法規司
制定並組織實施依法行政和稅收管理制度；組織協調涉及多個稅種的綜合稅收政策的實施；組織開展綜合性稅收政策研究；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核，定期進行清理、評估和反饋；承辦局外多稅種、綜合性稅收政策文件工作；牽頭審理重大稅收案件，規範稅務行政審批；承辦稅收規範性文件的備案備查工作；辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件。
(3)營業稅事務所
組織實施營業稅征管，制定具體征管措施；解釋和處理執行中的具體業務問題；參與納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作；負責具體國際稅務事務的管理。
(4)所得稅辦公室
組織實施自治區人民政府授權地方稅務機關征收的企業所得稅、個人所得稅、人民教育基金、文化建設費等收費和基金的征收管理，制定具體的征收管理政策和措施；解釋和處理執行中的具體業務問題；參與納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作。
(5)財產和行為稅辦公室
組織實施房產稅、城鎮土地使用稅、土地增值稅、車船稅、印花稅、資源稅、煙草稅、城市維護建設稅、契稅、耕地占用稅等法律法規規定的地方稅和教育費附加的征收管理，制定具體征收管理辦法；解釋和處理執行中的具體業務問題；參與納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作。
(6)計劃財務部
負責編制地方中長期稅收規劃，編制、分配和下達年度稅收計劃任務；監督檢查納稅和退稅情況；組織稅收分析預測和重點稅源監控管理；組織制定和實施稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關制度；承擔稅收數據的綜合管理和應用，對外發布稅收數據；制定本系統財務和基礎設施管理辦法；管理地稅系統的資金、財務、設備和固定資產；承擔政府統壹采購；審核和編制地方稅務系統的財務預決算；處理各種資金的籌集和分配。
(七)征管和科技開發部門
組織實施稅收綜合征管法律法規、部門規章和規範性文件；起草地方稅收綜合征管規範性文件；制定地方稅收征管的長遠規劃和綜合計劃；組織實施納稅服務體系建設；制定納稅服務工作規範和操作流程；組織、協調和實施面向納稅人的稅法宣傳、納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施納稅信用體系建設；指導稅務糾紛的調解；組織實施稅收管理信息化建設的長遠規劃、實施方案和相關制度；承擔稅務管理信息化建設中業務需求整合和流程優化的綜合管理工作；承擔稅收管理信息系統的建設、監督和檢查。
(8)監督和內部審計辦公室
組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗貨物采購審計和領導幹部經濟責任審計；組織實施稅收執法責任制、稅收執法過錯責任追究制，承擔稅收執法質量評估；監督稅收執法檢查結論和各種復查結論的落實；負責開展巡視工作，監督檢查下壹級領導班子和領導幹部執行政治紀律、組織紀律、群眾工作紀律和黨風廉政建設情況。
(九)政治部
組織實施幹部人事制度和幹部人才建設規劃，制定具體實施方案；負責本系統的人事、機構編制和公務員管理；承擔師以下幹部和下壹級領導班子幹部及其後備幹部的管理、考核和監督工作；負責監督檢查本系統各項人事規章制度的執行情況；辦理出國政審。組織實施地稅系統的思想政治工作、精神文明建設、稅收文化建設、黨群工作和基層建設；負責管理本系統的幹部教育培訓工作。
機關黨委負責自治區地方稅務局機關及直屬單位的黨群工作。
監察室(與紀檢組合署辦公)是自治區紀委(監察廳)的派出機構，負責機關及下屬單位黨內紀律檢查和行政監察工作。
離退休幹部辦公室負責自治區地方稅務局機關離退休幹部的管理和服務工作。州市局:烏魯木齊市地方稅務局、伊犁哈薩克自治州地方稅務局、昌吉州地方稅務局、阿克蘇地區地方稅務局、阿勒泰地方稅務局、巴音郭楞蒙古自治州地方稅務局、博爾塔拉蒙古自治州地方稅務局、克孜勒蘇柯爾克孜自治州地方稅務局、克拉瑪依地方稅務局、石河子地方稅務局、圖木舒克地方稅務局、圖木舒克地方稅務局、五家渠市地方稅務局、哈密地方稅務局、塔城地方稅務局、 吐魯番市地稅局、喀什市地稅局、和田市地稅局、圖木舒克市地稅局、圖木舒克市地稅局、五家渠市地稅局、米東地稅局。
直屬局:自治區地方稅務局稽查局、自治區地方稅務局直屬征收局。