法律、其他行政法規和國務院決定對行政機關公務員處分有規定的，依照該法律、行政法規和國務院決定的規定執行；法律、其他行政法規和國務院決定對行政機關公務員違法違紀行為已有處分規定，但未規定處分幅度的，適用本條例第三章處分幅度的規定及其最相近的規定。
地方性法規、部門規章和地方政府規章可以補充規定本條例第三章未規定的違法違紀行為和相應的處罰幅度。除國務院監察機關和國務院人事部門外，國務院其他部門應當會同國務院監察機關和國務院人事部門制定紀律處分條例。
除法律、法規、規章和國務院決定外，行政機關不得以其他形式設定行政機關公務員處分事項。第三條行政機關公務員依法履行職責的行為受法律保護，非經法定事由和程序不得處分。第四條處分行政機關公務員，應當堅持公正、公平和教育懲戒相結合的原則。
給予行政機關公務員的處分，應當與其違法違紀行為的性質、情節和危害程度相當。
對行政機關公務員給予處分，應當事實清楚、證據確鑿、定性準確、處理適當、程序合法、手續完備。第五條行政機關公務員違法違紀涉嫌犯罪的，應當依法移送司法機關追究刑事責任。第二章處分的種類和適用第六條對行政機關公務員的處分種類為:
(1)警告；
(二)記過；
(三)記大過；
(4)降職；
(五)辭退；
(6)開除。第七條行政機關公務員受處分的期限如下:
(壹)警告，6個月；
(二)記過，12個月；
(3)記大過，18個月；
(4)降級撤職24個月。第八條行政機關公務員在受處分期間不得晉升職務和職級。其中，受到記過、記大過、降級或者撤職處分的，不得晉升工資檔次；被撤銷職務的，按照規定降級。第九條行政機關公務員被開除的，自處分決定生效之日起，其與本單位的人事關系終止，不再擔任公務員職務。
行政機關公務員在除開除處分外的處分期間有悔改表現，且無再次違法違紀行為的，處分期滿後解除處分。處分解除後，晉升的工資等級、職級、職務不再受原處分影響。但是，解除降級或者撤職處分的，不得視為恢復原職級或者職務。第十條行政機關公務員有兩種以上行為同時需要處分的，應當分別決定處分。應當給予的處罰種類不同的，從重處罰；同壹種類應當給予壹個以上處罰的，應當執行處罰，超過壹個處罰期限且少於多個處罰期限之和的，決定處罰期限。
行政機關公務員在受處分期間受到新處分的，處分期間為原分期未執行的期間與新處分期間之和。
處罰期限最長不得超過48個月。第十壹條行政機關兩名以上公務員違法違紀，需要給予處分的，應當按照各自的紀律責任分別給予處分。第十二條有下列情形之壹的，應當從重處罰:
(壹)在兩人以上違法違紀行為中起主要作用的；
(二)隱藏、偽造或者毀滅證據的；
(三)串通或者阻止他人揭發、提供證據的；
(四)包庇共謀者；
(五)法律、法規和規章規定的其他加重情節。第十三條有下列情形之壹的，應當從輕處罰:
(壹)主動交代違法違紀行為的；
(二)主動采取措施，有效避免或者挽回損失的；
(三)舉報他人重大違法違紀行為，情況屬實的。第十四條行政機關公務員主動交代違法違紀行為，並主動采取措施，有效避免或者挽回損失的，應當減輕處分。
行政機關公務員違紀行為輕微，經批評教育後改正的，可以免予處分。第十五條行政機關公務員有本條例第十二條、第十三條規定情形之壹的，應當在本條例第三章規定的處分幅度內從重或者從輕處分。
行政機關公務員有本條例第十四條第壹款規定情形的，應當在本條例第三章規定的處分幅度之外，降低壹個處分等級。應當給予警告、減輕處罰、免除處罰的。