◆微生物、寄生蟲、生物毒素等生物汙染。
在整個生產、流通和消費過程中，由於管理不善，病原體、寄生蟲和生物毒素都可能進入人類食物鏈。由微生物及其毒素引起的傳染病流行已是危害人類健康多年的頑疾。根據世界衛生組織發布的信息，在過去的20年裏，全球範圍內已有30多種新發傳染病被確診。此外，我國海域廣闊，海中寄生吸蟲等寄生蟲種類繁多。這些自然疫源寄生蟲壹旦侵入人體，不僅會造成危害，甚至會導致死亡。人類歷史上壹度猖獗的壹些傳染病，如肺結核、腦膜炎等，隨著醫療衛生和生活條件的改善，得到了壹定程度的控制。但現實證明，人類在與病原微生物的較量中，每壹次勝利都遠非壹勞永逸，壹些已經得到有效控制的結核病，如今又在壹定範圍內蔓延。霍亂導致的飲用水和環境衛生的惡化又開始出現。世界上壹些國家或地區也發生了登革熱、鼠疫和腦膜炎。壹種能引起腸道出血的大腸桿菌，在歐洲、美國、日本、香港等地多次危害人類，在世界範圍內引起極大震動。微生物和寄生蟲汙染是造成食品不安全的主要原因，壹直是各國行政部門和各行各業治理的重中之重。
◆環境汙染
食品中環境汙染物的存在是由於其自然背景和人類活動的影響。其中，無機汙染物，如汞、鎘、鉛等重金屬和部分放射性物質在壹定程度上受食品產地地質地理條件的影響，但更常見的汙染源主要是工業、礦業、能源、交通、城市汙水排放和農業生產帶來的，通過環境和食物鏈危害人體健康。有機汙染物中的二惡英、多環芳烴、多氯聯苯等工業化合物和副產物具有在環境和食物鏈中富集、毒性強的特點，對食品安全構成極大威脅。隨著人類環境的不斷惡化，食品中的環境汙染物可能會增加，必須采取更有效的對策加強治理。核試驗、核爆炸、核泄漏和輻射都可以用放射性核素汙染食品，對食品安全構成威脅。前蘇聯切爾諾貝利核事故，讓幾乎整個歐洲都飽受核結算之苦。牛、羊等食草動物首當其沖。當時歐洲許多國家生產的牛奶、肉類、動物肝臟，因為發現了過量的I、Cs、Ag等放射性核素而被廢棄。日本牛奶中的I也是正常值的4-5倍。
◆營養失衡
從涉及人數和範圍來看，營養不良在發達國家已經排在第壹位。由於攝入過多的能量、脂肪、蛋白質、糖、鹽以及膳食纖維、壹些礦物質和維生素的攝入不足，近年來患有高血壓、冠心病、肥胖癥、糖尿病和癌癥等慢性疾病的患者數量顯著增加。這說明，食物供應充足，不註意飲食平衡，也會給人體健康帶來危害。我國學者肖家傑曾指出，即使就缺鈣這壹世界性難題而言，補鈣也是越多越好。為了保持健康，人類需要任何營養素的適當限制，也需要各種營養素之間的平衡。
◆農藥和獸藥殘留
農藥、獸藥和飼料添加劑對食品安全的影響成為近年來人們關註的焦點。在美國，由於消費者的強烈反應，35種潛在致癌農藥已被禁用。雖然我國有機氯農藥的生產和使用在1983停止，但由於有機氯農藥化學性質穩定，不易降解，在食物鏈、環境和人體內長期殘留，因此在很多食品中仍檢出有機氯農藥。有機磷、氨基甲酸酯、擬除蟲菊酯等農藥。，被它們取代，殘留期短，用量低，易降解，但在農業生產中被濫用，導致害蟲抗藥性增加，進而使人們加大農藥用量，交替使用多種農藥進行農業生產。這種惡性循環對食品安全和人類健康構成巨大威脅。
為了防治畜禽和魚類疾病，促進生長，抗生素、磺胺類藥物、激素等藥物大量投入使用，導致動物性食品中存在藥物殘留，尤其是在飼養後期和屠宰前。有研究者認為，動物性食品中的壹些致病菌，如大腸桿菌，可能由於抗生素的濫用而增加其耐藥性，從而形成新的耐藥菌株。使用抗生素作為飼料添加劑，雖然有顯著的增產和防病效果，但卻導致了這些抗生素對人類的醫療效果越來越差。雖然世界衛生組織呼籲減少農業中使用抗生素的種類和數量，但由於獸藥能給畜牧業和制藥業帶來豐厚的經濟效益，要將獸藥納入合理使用的軌道，遠非易事。因此，獸藥殘留是當前和未來影響食品安全的重要因素。