針對預算外資金制度和管理中存在的問題，國務院於1996年7月頒布了《關於加強預算外資金管理的決定》(以下簡稱《決定》)，系統規定了預算外資金管理的政策措施，指明了預算外資金管理的工作方向，標誌著我國預算外資金管理進入了壹個新階段。
與1986的通知相比，該決定在管理的廣度和深度上都有了實質性的突破。主要表現在:
(1)從長遠發展和整體管理模式來看，建議加強預算外資金管理，不是不斷擴大規模，而是最終全部納入預算管理。
(2)在預算外資金的性質方面，明確規定預算外資金是國家財政資金，不是部門和單位的自有資金，必須納入財政管理。
(三)在預算外資金管理方式方面，要求改變過去部門和單位的管理方式，參照預算外資金管理模式，建立預算外資金預決算制度。
(4)在財政部門與其他部門的關系上，明確規定財政部門是預算外資金管理的職能部門，財政部門要積極做好各項服務，及時撥付預算外資金。
(5)在社會保障資金管理辦法上，提出在社會保障預算建立之前，社會保障資金暫按預算外資金管理辦法進行管理。
為落實上述決定，財政部先後制定了《預算外資金管理實施辦法》、《中央預算外資金財政專戶管理暫行規定》等配套文件。同時，在《事業單位財務規則》中增加了預算外資金財務管理的規定。
預算外資金全部納入預算管理。
根據《財政部關於將預算外資金管理的收入納入預算管理的通知》(財預[2010]88號)的有關要求，自2011起，除教育費外，其他預算外資金全部納入預算管理。這意味著從2011開始，預算外資金成為歷史，財務管理進入全面預算管理新階段。
(1)預算外資金全部納入預算管理意義重大。
將預算外資金全部納入預算管理，將改變過去資金分散管理、千頭萬緒存放的狀態，使各項收支活動成為壹個有機整體，進壹步增強預算外資金收支活動的透明度，使預算外資金收支全過程置於人大監督之下，切實做到規範管理、依法理財；單位的壹切收支活動都是按照人大批準的預算進行的，這將進壹步規範單位的績效，提高管理服務水平，對從源頭上預防腐敗具有重要意義；預算外資金全部納入預算管理，將進壹步提高財政管理的科學化、精細化水平，加快建立由公共預算、國有資本經營預算、政府性基金預算和社會保障預算組成的政府預算體系。
(二)預算外資金全部納入預算管理，提高了依法理財水平。
各單位預算外資金全部納入預算管理後，財政部門要求，要嚴格按照《中華人民共和國預算法》等相關法律法規的要求，根據部門的職能範圍和相關標準，編制年度部門預算；預算壹經人民代表大會通過，即具有法律效力。在年度預算執行中，要嚴格按照預算程序，及時足額征收各類收入，科學合理安排相應支出。絕不能隨意追加和變更預算，損害預算的權威性和嚴肅性。所有財務安排都在人大的監督之下，提高了財務管理的透明度和依法理財的水平。