管理區:水庫黃海高程428米以內的區域。
保護區:管理區外，水庫大壩至付嘉河與刺桐壩河交匯處，水庫兩岸黃海高程478米以內的區域。付嘉河與刺桐壩河交匯處以上的主、支流河道兩側黃海高程在458米以內的區域。
保護和管理範圍的界線由自治縣人民政府劃定，設立界樁，標明並公布。第四條凡在水庫保護管理範圍內從事活動的單位和個人，均應遵守本條例。
任何單位和個人都有保護水庫的義務，並有權制止、檢舉和控告破壞水庫工程設施和汙染水體等違法行為。第五條自治縣人民政府和有關鄉鎮人民政府應當加強水庫的保護和管理，支持水庫電站的正常運行。電站所有權單位應當協助保護和管理水庫，並提供水庫保護和管理費用。
自治縣的水利、農業、林業、交通、環保、公安等行政主管部門應當按照各自職責，做好水庫的保護和管理工作。第六條自治縣人民政府應當編制水庫保護區水土保持規劃，支持當地群眾退耕還林，發展以經濟林為主的林業。
電站所有權單位應當協助自治縣人民政府幫助水庫保護區內的群眾改善生產生活條件。第七條自治縣人民政府應當加強水庫周邊村莊垃圾處理設施建設，防治庫區汙染。第八條自治縣交通行政主管部門應當在水庫內劃定航道，設置助航標誌，定期對船舶進行檢查，並對操作人員和船員進行安全生產培訓。第九條自治縣人民政府設立那蘭水庫管理局，隸屬自治縣水行政主管部門。其主要職責是:
(壹)宣傳、貫徹和執行有關法律、法規、規章；
(二)協助實施水庫防洪調度和防洪應急預案；
(三)協助庫區航運、水產養殖、水質保護、水土保持和旅遊開發；
(四)負責水庫的保護和管理；
(五)協助調解水庫航運和水產養殖引發的糾紛；
(六)行使本條例規定的行政處罰權。第十條自治縣人民政府鼓勵開發利用水庫資源。在保護管理範圍內從事航運、水產養殖、修建旅遊服務設施或者架設索道、電線、系泊浮標、浮橋、系船柱等設施的，有關部門在審批許可時，應當征求水庫保護管理局的意見。第十壹條保護區禁止下列行為:
(壹)向溝渠和流入水庫的河流傾倒生產和生活垃圾，排放有毒有害物質；
(二)移動或者損壞界樁、廣告牌、水文觀測等設施；
(三)盜伐、濫伐林木；
(四)放火燒荒地，破壞植被；
(五)采砂、采石和采礦。第十二條行政區域內禁止下列行為:
(壹)傾倒生產和生活垃圾；
(二)從船舶排放廢油等有毒有害物質；
(三)炸魚、毒魚、電魚和使用禁用的漁具捕撈水生生物；
(4)爆破、建房、填海。第十三條在水庫大壩上遊300米範圍內，禁止劃船、遊泳、垂釣、網箱養殖和漂浮物體；水庫大壩下遊200米行洪河道範圍內禁止捕撈水生生物、采砂、觀光、設置障礙物阻水。第十四條在保護管理範圍內從事運輸生產經營的船舶禁止下列行為:
(壹)無船舶檢驗證書、船舶登記證書或者船員適任證書航行的；
(二)未經批準從事渡口經營的；
(三)超員載客、超載載貨的；
(四)在洪水、大風、大浪、暴雨、大霧等惡劣天氣下航行。第十五條自治縣人民政府對在水庫保護管理工作中符合下列條件之壹的單位和個人給予表彰和獎勵:
(壹)保護植被、水庫水質、防治水土流失、防治水汙染取得顯著成績的；
(二)保護、開發和利用水庫資源成績顯著的；
(三)在防汛抗洪中成績突出的；
(四)保護各種監控設施做出顯著成績的；
(五)救人事跡突出的；
(六)維護水庫安全成績顯著的；
(七)制止、檢舉和控告他人違反本條例的行為。