杞麓湖水質按《國家地表水環境質量標準》(GB3838-2002)規定的ⅲ類水標準保護。第五條杞麓湖保護區分為壹級保護區和二級保護區。
壹級保護區為沿地表100米水體和杞麓湖最高水位範圍內。二級保護區是除壹級保護區以外的徑流區。
壹級保護區的界限由通海縣人民政府劃定並標明。第六條玉溪市人民政府對杞麓湖保護實施領導和監督管理。通海縣人民政府負責杞麓湖的保護和管理。
玉溪市和通海縣人民政府有關部門應當根據各自職責，做好杞麓湖的保護和汙染防治工作。
沿湖鄉鎮人民政府負責本行政區域內的杞麓湖保護工作，並指定專職人員維護入湖河道。第七條玉溪市、通海縣人民政府應當將杞麓湖保護納入國民經濟和社會發展規劃，制定杞麓湖保護和利用規劃，建立保護投入機制和生態保護補償機制；將杞麓湖保護管理經費納入財政預算。第八條通海縣人民政府及其有關部門應當加強對杞麓湖周邊的秀山、水落洞、溢洪道、九龍池、龍泉寺、北丘遺址、二界湖石刻等風景名勝區的環境保護。第九條任何單位和個人都有保護杞麓湖的義務，並有權制止和舉報汙染水體和破壞生態環境的違法行為。
玉溪市、通海縣人民政府應當定期公布水環境狀況；建立激勵機制，鼓勵社會力量參與保護工作；發揮社會和新聞媒體的監督作用。
玉溪市和通海縣人民政府應當對保護杞麓湖做出顯著成績的單位和個人給予表彰和獎勵。第十條通海縣人民政府設立杞麓湖管理機構，履行下列職責:
(壹)宣傳和貫徹有關法律法規；
(二)監督實施杞麓湖保護和開發利用規劃；
(三)配合有關部門實施年度蓄水、供水和防洪計劃；
(四)根據杞麓湖保護、開發和利用規劃，監督管理湖水資源、水產資源、水域和灘塗的保護、開發和利用；
(五)辦理杞麓湖取水許可，征收水資源費；
(六)確定封湖期，申領捕撈許可證，收取漁業資源增殖保護費；
(七)辦理船舶入湖許可，負責水上安全管理；
(八)會同環保部門建立杞麓湖水質監測、水汙染預警和應急處置系統；
(九)協調、督促沿湖鎮縣相關部門依法履行保護職責；
(十)在杞麓湖壹級保護區內，通海縣人民政府相關職能部門依法行使部分湖泊管理行政處罰權，實施方案由通海縣人民政府擬定，報玉溪市人民政府批準；
(十壹)通海縣人民政府交辦的其他事項。第十壹條在壹級保護區設立公安機構，維護公共秩序。第十二條杞麓湖管理機構依法收取的水資源費、漁業資源增殖保護費上繳縣級財政，專項用於杞麓湖保護。
玉溪市和通海縣人民政府應當安排壹定資金，扶持保護區內的農村改善生產生活條件，具體辦法由玉溪市人民政府制定。第十三條壹級保護區禁止下列行為:
(壹)新建、改建、擴建除環境保護和水工程以外的建築物、構築物；
(二)排放或者傾倒不符合排放標準或者超過規定控制總量的工業廢水、生活廢水的；
(三)排放、傾倒工業廢渣、農業廢棄物、醫療廢棄物和生活垃圾；
(四)畜禽規模養殖和集中屠宰；
(五)圍湖造田，修建魚塘；
(六)網箱、湖泊、圍欄養殖；
(七)侵占、破壞水工程及湖泊、護岸等相關設施，破壞防洪、水文、環境監測等設施；
(八)擅自取水或者違反取水許可證規定取水的；
(九)使用機動船、電動船或者汙染水體的設施進行捕撈；
(十)炸魚、毒魚、電魚，生產、銷售和使用妨礙魚類資源生長繁殖的漁具；
(十壹)未經批準進行航行作業的；
(十二)獵捕鳥類、兩棲類、爬行類等野生動物；
(十三)擅自打撈水生植物；
(十四)銷售和使用高毒、高殘留的含磷洗滌劑和農藥；
(十五)其他汙染水體的行為。