制定本局和本系統的年度工作計劃和長遠發展規劃；處理局機關日常事務，起草和審核相關文件和報告；負責綜合會議組織、文秘事務、文電處理、文件檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅務宣傳和外事工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣和獎勵；制定辦公室規章制度；管理機關的財務；負責本系統的目標管理考核和監督；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理NPC代表和CPPCC委員的建議；協助局領導綜合協調相關工作。
政策法規司
開展有關政策法規的調查研究和宣傳培訓；負責貫徹、建立和實施規範稅收執法的規章制度；負責稅務信息的調查；負責組織對稅收法律法規執行情況的監督檢查；承擔審理重大稅收案件的日常工作；負責稅務行政訴訟、聽證和賠償等涉稅法律事務；負責規範性文件的會簽、稅務檢查案件的審查以及審計、財政監管部門的外部監督。
流轉稅管理處
負責流轉稅業務及其執行情況的監督檢查；制定流轉稅征收管理的具體辦法；管理增值稅專用發票；負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣和應用。
所得稅管理辦公室
負責所得稅管理業務並監督檢查其執行情況；制定所得稅征收管理的具體辦法；負責城市商業銀行和城鄉信用社的財務制度管理。
國際稅務管理局
負責鎮江市涉外企業納稅人管理和各市(區)涉外稅收業務指導；負責國際稅收協定的執行、反避稅、涉外稅務審計、信息交換、中外居民跨國所得稅收監管等國際稅收事務；負責現行涉外企業所得稅政策的管理，並監督檢查執行情況和日常管理。
進出口稅收管理司
負責國家進出口稅收政策和管理措施的執行、日常監督檢查；負責出口貨物退(免)稅的審批和年終清算；負責出口貨物退(免)稅信息管理系統的推廣、應用和維護；配合相關部門組織實施反避稅檢查。
收藏管理處
組織實施綜合稅收征管法律、法規和規章，制定綜合稅收征管制度和措施；負責稅務登記等稅務信息的管理；牽頭對征管質量進行綜合評估；指導個體工商戶和集貿市場的稅收征管工作；負責組織除增值稅防偽稅控以外的征管軟件和稅控工具的推廣應用；負責社會稅收協作和稅收保護，協助司法機關打擊偽造、倒賣、竊取普通發票等違法行為；負責稅款緩繳、壞賬稅和死稅核銷的管理；牽頭制定並組織實施綜合納稅評估制度和措施；負責納稅服務、日常稅源基礎管理、日常管理檢查及其綜合制度和措施的制定；負責稅務代理工作的監督、管理和指導。
規劃和統計司
負責稅收計劃管理、稅收核算、統計和信息數據分析與匯總；承擔納稅人納稅申報信息的集中處理和統壹核算，組織核對稅款的收付和退還；負責稅源數據的調查計算、稅收分析和重點稅源監控；負責稅務憑證的管理。
規劃和統計部與信息中心設在同壹地點。
財務管理辦公室
負責本系統的資金、財務、基建、設備和資產的管理；組織內部審計和政府采購；負責下屬單位的財務管理和監督。
人事教育辦公室
研究和實施人事管理制度；負責機構編制、編制、任免、考核、招聘、調配、交流、解聘、勞動工資、人事檔案管理、專業技術職務等人事管理工作；負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督管理和後備人選的培養選拔。
負責本系統的思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育和培訓的管理；指導黨建、工會、* *共青團、婦聯工作。
離退休幹部辦公室(副廳級，隸屬人事教育司)。負責離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
檢查辦公室
負責監督檢查各級國稅機關及其工作人員在本系統貫徹執行黨和國家的路線方針政策及有關法律、法規和政策的情況；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監督和整改工作；負責管理本級幹部舉報來信來訪、違法違紀案件和系統內重大案件。
稅務服務部
負責咨詢、受理和審批鎮江市區範圍內的稅務管理事務。
機關黨委辦公室
負責局機關和直屬事業單位黨務、紀檢、工會、* *共青團、婦聯工作；負責市局精神文明建設、思想政治工作和計劃生育工作。