(1)公司運作的合規性。主要檢查公司執行國家金融證券法律法規和中國證監會規定的情況；重點是公司設立、註銷及相關事項變更的合法合規性，各項業務經營的合法合規性，公司高級管理人員及員工任職資格和經營行為的合規性，公司內部控制制度的健全性和有效性。
(2)公司經營的正常性。主要是對公司的日常經營進行統計，了解公司的業務發展和經營收支情況，分析其經營是否正常，分析公司的經營風險、資產負債、凈資本和虧損情況，評價公司內部風險控制能力，有針對性地采取措施防範和化解風險。
(3)公司運營的安全性。主要是對公司內控體系和信息系統進行評價，督促其加強安全管理，制定風險處置預案，預防安全事故發生。第五條檢查方式分為現場檢查和非現場檢查。
現場檢查是指檢查人員親臨檢查現場，通過聽取匯報、查閱有關資料等方式進行現場檢查。
非現場檢查主要是通過手工或計算機系統對公司上報的經營報表、財務報表等相關資料進行定期和不定期的統計分析，通過設置風險預警指標，及時發現公司存在的問題。第六條中國證監會及其派出機構應當督促公司建立健全內部檢查制度，設立內部檢查機構，定期開展自查，並將內部風險自查情況報送中國證監會及其派出機構和上海、深圳證券交易所。第七條中國證監會負責檢查工作的總體部署和實施，並根據工作需要隨時開展檢查。中國證監會派出機構負責轄區內的檢查工作，根據中國證監會的部署和工作需要進行檢查。第八條中國證監會根據需要，可以委托具有從事證券業務資格的會計師事務所、律師事務所的有關人員組成檢查組，對公司進行檢查。第九條中國證監會及其派出機構進行檢查時，可以要求被檢查公司向檢查人員提供下列文件:
(壹)公司會計報表、有關會計賬簿和憑證以及其他與會計報表有關的資料；
(2)交易記錄、計算機數據、合同文本、公司相關管理體系文件等。對於公司自營、代理、資產管理等業務。
(3)公司股東會、董事會、監事會會議紀要、決議、公司經理辦公會議文件等。
(四)現場檢查操作規程涉及的內容和其他應當查閱的文件。
檢查涉及被檢查公司首席會計師事務所的，檢查人員可以要求會計師事務所提供對公司財務報告發表審計意見的工作底稿。第十條檢查人員對被檢查對象進行現場檢查時，被檢查對象不給予協助和配合，不如實反映情況，拒絕檢查或者隱瞞情況，主持被檢查對象的會計師事務所拒絕檢查或者隱瞞情況的，中國證監會將依據法律法規和有關規定予以處罰。第十壹條檢查人員可以對檢查過程中的有關情況和資料進行錄音、錄像、照相和復制。第十二條檢查人員實施檢查時，應當出示工作證和中國證監會的有效證件。第十三條督察員應當遵守法律、法規和有關規定，認真履行職責。在檢查結果公布之前，檢查人員和被檢查公司不得透露與檢查結果有關的任何信息。檢查人員有責任對其在檢查中知悉的商業秘密保密。對稽察人員在稽察過程中的違紀違規行為，依照有關法律法規和紀律規定處理。第十四條對檢查中未發現問題、檢查結果良好、運作規範的公司，中國證監會予以通報表揚。
對檢查中發現的公司出具整改意見，限期整改。對於整改較差的公司，通報批評將把檢查結果作為出具公司年檢意見的依據之壹。
中國證監會將依據法律法規和有關規定，對檢查中違反法律法規和有關規定的公司及相關責任人進行處罰。構成犯罪的，依法移送司法機關追究刑事責任。第十五條本辦法由中國證監會負責解釋。第十六條本辦法自發布之日起實施。