昆明片區將加強與臨空經濟區的聯動發展，重點發展高端制造業、航空物流、數字經濟、總部經濟等產業，打造面向南亞東南亞的互聯互通樞紐、信息物流中心和文化教育中心。
紅河片區將加強與紅河綜合保稅區、蒙自經濟技術開發區的聯動發展，重點發展加工貿易、大健康服務、跨境旅遊、跨境電子商務等產業，全力打造面向東盟的加工制造基地、商貿物流中心和中越經濟走廊創新合作示範區。
德宏片區重點發展跨境電子商務、跨境產能合作、跨境金融等產業，打造沿邊開放先行區和中緬經濟走廊的門戶樞紐。第五條自貿試驗區應當解放思想，積極探索制度創新，建立以支持改革創新為導向的評價機制和容錯機制，充分激發創新活力，不斷提高自貿試驗區改革開放水平。第二章管理體制第六條中國(雲南)自由貿易試驗區工作領導小組(以下簡稱領導小組)負責組織、領導和協調自由貿易試驗區的建設和發展。
領導小組辦公室設在省人民政府商務主管部門，承擔領導小組的日常工作，履行以下職責:
(壹)落實領導小組關於建設自由貿易試驗區的相關部署；
(二)制定推進自由貿易試驗區建設的工作措施、制度和方案；
(三)協調推進自貿試驗區各項改革試點任務的實施；
(四)總結評估自貿試驗區形成的改革創新經驗，梳理可復制可推廣的創新成果，提出工作建議；
(五)協調研究解決自貿試驗區改革創新中的困難和問題；
(六)調度、監督、檢查和考核本地區試驗工作的進展情況。第七條自貿試驗區管理機構(以下簡稱區管機構)負責決定自貿試驗區建設發展的重大事項，統籌推進自貿試驗區改革試點的具體工作。
各區應當依法建立集中統壹的綜合行政執法體系，相對集中行使行政執法權。第八條省級人民政府和各設區市人民政府及其有關部門應當根據自貿試驗區改革發展需要，按照國家有關規定，將省級人民政府確定的經濟社會管理權限和其他管理權限全面下放給片區管理機構，增強片區改革自主權。第九條自貿試驗區應當建立咨詢制度，健全工作磋商機制，為自貿試驗區的建設和發展提供決策參考。第三章投資管理和貿易便利化第十條自貿試驗區全面實施外商投資準入前國民待遇加負面清單管理制度。對自貿試驗區負面清單以外的領域，按照內外資壹致的原則進行管理。第十壹條自貿試驗區應當依法制定促進和便利外商投資的政策措施，積極吸引外資，支持外國投資者全面參與自貿試驗區建設，保護外國投資者和外商投資企業的合法權益。第十二條自貿試驗區應當建立健全外商投資服務體系，完善外商投資促進、項目跟蹤服務和投訴機制。
自貿試驗區應當集中發布與外商投資相關的法律、法規、規章、規範性文件、政策措施和投資項目信息，通過多種方式和途徑加強宣傳解讀，為外國投資者和外商投資企業提供咨詢和指導服務。第十三條自貿試驗區統壹內外資人才中介機構資質要求，由區管理機構負責審批，並報省人力資源社會保障廳備案。第十四條自貿試驗區依托中國(雲南)國際貿易“單壹窗口”，深化通關壹體化改革，實現口岸服務壹體化。將“單壹窗口”探索拓展到技術貿易、服務外包和維修服務等服務貿易領域，實現部門間信息互通、監管互認和執法互助。
自然人、法人和非法人組織可通過“單壹窗口”服務平臺壹次性提交各管理部門所需的標準化電子信息，處理結果將通過服務平臺反饋。