各部門的主要職責如下:
(1)辦公室:
1.協調協會內部工作，檢查和監督工作事項的落實；2 .負責理事會和常務理事會的日常事務和會議組織工作；3.組織起草有關重要報告和綜合性會議領導講話；4.負責協會秘書處檔案管理和行業、業務檔案管理的培訓、指導和檢查；負責協助調查和推廣註冊會計師和註冊資產評估師職業責任保險；5.負責社團組織代碼證的年檢；6.負責協會的崗位審核；7.負責協會文件的收發、打印、上網、傳遞；8.負責訂購相關資料，發放給會計師事務所和資產評估機構。
(2)註冊部門:
1.研究完善地方登記管理制度；2 .負責本地區註冊會計師的註冊、轉崗和資格檢查；3.負責行業基礎信息的收集、維護、分析和利用；4.負責區域內非執業會員的入會、轉會和年檢；4.調查和處理與註冊管理相關的投訴和舉報。
(3)監督部門:
1.根據中註協行業執業質量檢查制度，開展北京地區會計師事務所年度職業道德和執業質量檢查；2.受理會員違法違規行為的投訴和舉報；依據《北京中註協懲戒辦法》進行行業懲戒；建立信用檔案；3.開展多方向的專業標準和技術指導服務；4.審查本所股東或合夥人的資格；5.負責事務所業務報告中防偽標識的管理；6.負責與相關部門的協調。
(4)繼續教育部
1.在中國註冊會計師協會繼續教育制度和《中國註冊會計師協會繼續教育制度補充規定》的指導下，全面貫徹中國註冊會計師協會年度培訓精神，動員各方面力量，全面提升北京註冊會計師隊伍的業務素質、執業能力和職業道德，負責制定和編制繼續教育培訓計劃；2.積極探索人才培養途徑，大力培養高層次行業人才；3.提高註冊會計師職業教育質量，培養註冊會計師行業高素質後備人才；4.加強繼續教育培訓教材開發和師資隊伍建設；5.加強培訓的理論指導和制度保障。
(5)資產評估部門
1.批準和管理註冊資產評估師執業會員和非執業會員，支持會員依法履行職責；2.辦理註冊資產評估師註冊和資產評估機構設立事宜，對註冊資產評估師資格和資產評估機構設立條件進行年檢；3.組織實施註冊資產評估師職業標準和規則，制定並執行行業各項管理制度，監督檢查執行情況，對違法違規執業的註冊資產評估師和資產評估機構提出懲戒建議；4.組織會員職業道德、業務技能等相關知識的培訓；5.配合北京註冊資產評估師全國統壹考試的組織工作；6.協調註冊資產評估師的內外關系，維護會員的合法權益；7.組織業務交流，總結工作經驗，開展理論研究，不斷提高註冊資產評估師的專業水平；8.積極宣傳註冊資產評估師行業，獲得社會支持；9.促進對外交流，加強與國際同行的交流與合作；10辦理國家法律、行業法規規定以及中國資產評估協會和政府部門授權或委托的事項。
(6)宣傳部
1.開展行業發展理論與實踐的深入研究，充分發揮協會委托研究體系的作用，探討解決新時期行業發展中的前瞻性、操作性問題，促進科研成果轉化。2.開展多種形式的對外宣傳活動，廣泛宣傳行業在社會經濟中的作用，提升行業公眾形象，促進行業文化建設，展示行業風采。3.編輯出版《北京註冊會計師論文集》和行業宣傳資料，促進行業專業技術進步和管理經驗交流，活躍行業文化生活，更好地為會員服務。
(7)財務部
1，負責協會內部財務制度和內控制度的制定和修改；2.負責協會內部財務核算；3、負責組織行業年度決算的布置和匯總，負責會費的收繳；4.監督和指導兩個事業部在北京的財務工作。
(八)考試部門
根據財政部註冊會計師考試委員會辦公室有關文件精神，負責組織北京市註冊會計師全國統壹考試的考試工作。
(9)法律人事部
1，組織行業相關法律研究，開展行業法制宣傳教育；2.維護會員合法權益，為會員提供法律服務；3.審查協會制定的規範性文件的合法性；4、按照市財政局及其他相關部門的有關人事教育政策，制定相關管理制度；5.合理規劃協會人力資源的開發和配置；6.負責工人的考核、培訓和管理。
(10)人事檔案代理部
1.認真執行北京市委組織部、北京市人事局、北京市人才服務中心關於流動人員人事檔案管理的相關規章制度，維護人事檔案管理的嚴肅性，促進人才合理流動。2.負責本行業流動人員的委托建檔和人事管理，為用人單位和流動人員提供相關公共人事服務。其中包括:與單位簽訂人事代理協議；接受委托歸檔單位聘用人員人事檔案的歸檔和移交工作；接收集體賬戶並進行管理；辦理因公出國(境)相關手續；發放各類人員證件；接收北京生源學院畢業生，並負責畢業工作；負責委托存檔單位對非京籍應屆畢業生引進申請的審批；負責檔案工資的管理和工齡的審批；負責職稱考試的審核和上報；負責收取人事檔案管理費；負責計劃生育管理和宣傳。3.為會計師事務所、評估機構等會員單位在線發布招聘需求信息提供服務。
(十壹)黨委和團委辦公室
負責北京地區註冊會計師和註冊資產評估師的黨建和團建工作。
(12)工會辦公室
1.根據《工會法》、《中國工會章程》和市總工會有關文件精神，根據上級工會和秘書處的工作安排，制定工會工作計劃，安排、檢查和指導各基層工會的工作，發揮工會會員、主席和基層工會會員的作用；2.自覺履行工會職能，發揮自身特殊優勢，依法維護教職工的合法權利和民主權利；3.積極開展各種有益於精神文明和工業文化建設的教育活動，組織群眾文化娛樂活動，更好地豐富員工的文化體育生活；4、配合有關部門做好工會主席和會員的培訓工作，做好發展會員單位、接收新會員和對會員進行工會基本知識教育的工作；5.做好來信、來訪、接待工作；6、積極開展員工互助保險的宣傳、組織、投保、理賠等工作。
(十三)信息管理部
負責協會計算機網絡系統的建設和管理，提高行業信息化和辦公自動化水平。
(14)服務部門
1，負責協會後勤服務管理；2.負責協會固定資產管理(部分)及辦公用品的采購和發放；3.負責協會會議的會務工作；4、負責內外聯系和協會安全工作；5.負責協會的財產管理。
(15)資料室
負責北京中註協資料室的規劃、建設和管理。