縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門主管本行政區域內的漁業船舶登記工作。縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門所屬的漁港監督機構(以下簡稱登記機構)，按照規定的權限，負責本行政區域內的漁業船舶登記及其監督管理。第四條漁業船舶應當依照本辦法進行登記，取得中華人民共和國國籍後，方可懸掛中華人民共和國國旗航行。第五條漁業船舶不得具有雙重國籍。所有在海外註冊的漁業船舶，除非其原註冊國籍被中止或取消，否則不得取得中華人民共和國國籍。第六條漁業船舶所有人應當向戶籍所在地或者企業註冊地的縣級以上登記機關提出申請。
遠洋漁業船舶登記由漁業船舶所有人向所在地省級登記機關申請。在京中央直屬企業所屬遠洋漁業船舶的登記，由漁業船舶所有人向船舶所在地省級登記機關提出申請。
漁船登記的港口為漁船的船籍港。每艘漁船只能有壹個船籍港。
省級登記機關應當根據本行政區域漁業船舶管理的實際，確定省級以下登記機關的登記機關和船籍港名稱，並對外公告。第七條登記機關應當建立漁業船舶登記簿，並將漁業船舶登記的內容納入漁業船舶登記簿。
權利人和利害關系人有權依法查閱漁業船舶登記簿。第八條登記機關應當在辦公場所公示登記事項、依據、條件、程序和期限，以及需要提交的全部材料清單和申請書示範文本。
登記機關應當自受理申請之日起20個工作日內作出是否準予漁業船舶登記的決定。不予註冊的，應當書面通知當事人並說明理由。第二章船名驗證第九條漁業船舶只能有壹個船名。
近海漁船、科學考察船和教學實習船的名稱由申請人在申請漁船網具指標時提出。省級登記機關通過全國海洋漁業船舶動態管理系統查詢，無重名、同音、符合規範的，應當在漁業船舶網具索引申請書上標註船舶名稱和船籍港。漁業行政主管部門出具的《漁業船舶網具指標批準書》應當載明上述船名和船籍港。
公務船的命名按照農業部的規定辦理。
前款規定以外的漁業船舶名稱，由登記機關按照農業部的統壹規定進行核實。第十條有下列情形之壹的，漁業船舶所有人或者承租人應當向登記機關申請船名:
(壹)制造或者進口漁船；
(二)因繼承、贈與、購買、拍賣或者法院生效判決取得漁業船舶所有權，需要變更船舶名稱的；
(三)以光船條款從海外租賃漁船。第十壹條申請漁業船舶名稱核準，應當填寫漁業船舶名稱申請表，提交漁業船舶所有人或者承租人的戶口簿或者企業法人營業執照，並提交下列材料:
(壹)漁船和漁業輔助船應當提交省級以上人民政府漁業行政主管部門出具的漁網工具指標批準書；
(二)漁業船舶應當提交漁業船舶所有人持有的養殖證；
(三)從境外租賃的漁船，應當提交農業部的租賃批準文件；
(四)申請變更漁業船舶名稱的，應當提供變更原因及相關證明材料。第十二條登記機關應當自受理申請之日起7個工作日內作出批準決定。批準的，發給申請人漁業船舶名稱批準書，同時確定漁業船舶的船籍港。不予批準的，書面通知當事人並說明理由。第十三條漁業船舶名稱驗證書的有效期為十八個月。
在有效期內未使用船舶名稱的，漁業船舶名稱驗證函無效，漁業船舶所有人應當按照本辦法的規定重新申請。第三章所有權登記第十四條漁業船舶所有權的取得、轉讓和消滅，應當依照本辦法進行登記；未經登記，不得對抗善意第三人。