市、區縣(自治縣)發展和改革、規劃、土地、建設、環保等有關部門按照各自職責，負責水利工程管理工作。第五條鼓勵和支持國內外投資者以獨資、合資、合作等形式投資建設和管理水利工程。
鼓勵在農業灌區建立用水合作組織。第六條任何單位和個人都有權制止、檢舉和控告損害水利工程的行為。
水利工程的所有者、管理者和經營者應當對水利工程的公共安全負責。第二章建設第七條按照規定由國務院或者國務院有關主管部門審批的水利建設項目，應當按照國家規定的程序辦理。第八條水利工程建設應當符合流域和區域綜合規劃及相關專業規劃，並與土地利用總體規劃和城鄉規劃相協調。規劃設計水利工程時，應充分考慮灌溉、防洪、供水、水產養殖、航運、生態、景觀等因素，註重水利工程的綜合效益。第九條政府投資水利工程的可行性研究報告，由有管轄權的水行政主管部門提出審查意見後，報同級發展改革行政主管部門審批。
列入政府核準投資項目目錄的非政府投資水利項目，由發展改革行政主管部門征求同級水行政主管部門意見後核準。
其他水利項目應報發展和改革行政主管部門備案。第十條政府投資的水利工程和非政府投資的大中型水利工程的初步設計，由水行政主管部門審批；其他水利工程的初步設計應當報水行政主管部門備案。
政府投資的水利工程初步設計概算由發展和改革行政主管部門審批。
初步設計批準或備案後，如有重大變更，必須重新申請批準或備案。第十壹條新建水庫、堤防、水電站等由政府投資的建設項目，其主體工程，應當在水行政主管部門辦理審批手續後，方可開工建設。第十二條水利工程建設應當依法辦理規劃、環保、土地利用、資源利用、安全生產、質量監督、開工建設等行政許可手續，並按照國家有關規定實行項目法人責任制、資本金制、招投標制、建設監理制和合同管理制。第三章工程管理和保護第十三條市、區縣(自治縣)水行政主管部門按照分級管理的原則確定國有水利工程的管理者。
非國有水利工程的管理者或者經營者由水利工程所有者確定，並報有管理權限的水行政主管部門備案。第十四條國有公益性水利工程和準公益性水利工程，其管理人員經費、維修資金和更新改造費用按照分級管理的原則由同級人民政府按照國家有關規定撥付；其他水利工程的管理人員、維修和更新改造費用，由工程所有者、管理者或者經營者承擔。第十五條水利工程管理者具體負責水利工程的運行、維護和安全管理。其主要職責是:
(壹)按照水利工程管理規範的要求，制定日常管理制度和操作規程，做好工程檢查、觀測和記錄，收集、整理和分析相關資料，定期申請工程安全鑒定；
(二)維護水利工程，保持工程設施完好和正常運行；
(三)掌握氣象預報和水文預報，及時做好洪水預報、運行調度和防汛抗旱工作；
(四)搞好工程綠化和水土保持。第十六條新建水利工程，應當按照批準的設計方案劃定管理和保護範圍，並依法完善管理範圍內的土地使用權等相關手續。第十七條水利工程未劃定管理和保護範圍的，按照下列規定執行:
(1)校核洪水位線以下的庫區為水庫管理範圍，校核洪水位線以上與壩頂高程平齊的庫區為水庫保護範圍。
(二)大型水庫主壩壩趾、壩尾各200米和副壩壩趾、壩尾各50米的區域為管理範圍，主壩管理範圍外300米和副壩管理範圍外150米的區域為保護範圍；中型水庫和具有重要地位的小型水庫，以主壩壩趾、壩尾各100米和副壩壩趾、壩尾各50米為管理範圍，以主壩管理範圍200米和副壩管理範圍150米為保護範圍；壹般小型水庫主壩壩趾和壩尾外50米的區域為管理範圍，管理範圍外100米的區域為保護範圍。
(三)河道堤防內外坡腳外五米的區域為管理範圍，管理範圍外十米的區域為保護範圍。
(四)山坪塘大壩及其他擋水、放水、蓄水、放水、輸電建築物邊線外五至十米範圍為管理範圍，管理範圍外五十米範圍為保護範圍。
(5)引水提水設施(包括建築物)邊線、填築渠道(管道)坡腳、開挖渠道(管道)頂部以外的區域為管理範圍，管理範圍以外的區域為保護範圍。渡槽的保護範圍按其高度的50%在其兩側劃定。
水利工程的具體管理範圍，由工程管理者依照前款規定提出，經水行政主管部門和土地行政主管部門審核，報同級人民政府批準後，由水行政主管部門會同土地行政主管部門依法劃定。