橫琴新區、經濟功能區管理機構履行區政府職責。第五條市海洋行政主管部門負責組織實施本條例，依法履行海域和海島使用監督管理職責。
生態環境行政主管部門負責海洋環境保護的指導、協調和監督，以及法律法規規定的其他職責。
漁業、海事、公安、建設、自然資源、交通、旅遊、城市管理、港口、航道、水務等行政管理部門應當按照各自職責，對海域海島保護實施監督管理。第六條本市建立海洋資源調查制度。市海洋行政主管部門應當會同市生態環境等有關部門開展海洋資源和海洋環境調查，建立調查檔案並及時更新。第七條本市建立海洋信息共享系統。市海洋行政主管部門負責海洋綜合信息平臺的建設和管理，及時錄入海洋生態環境保護、海洋監測、海洋資源調查等數據和信息，並進行動態更新。生態環境、交通運輸、海事、應急管理等相關部門。應當將與海洋相關的數據和信息輸入本市綜合海洋信息平臺，促進海洋信息的共享。第八條鼓勵采用新技術、新工藝、新方法加強海島保護和管理。第九條各級政府、海洋、生態環境、漁業、教育等有關部門和自然保護區管理機構應當加強海洋生態保護的宣傳教育，增強公眾的海域海島保護意識。
鼓勵單位和個人以誌願服務的形式參與海島保護。第二章規劃和管理第十條市海洋行政主管部門應當根據廣東省海洋功能區劃，會同有關部門編制本市海洋功能區劃，並按照法定程序批準後向社會公布，但涉及國家秘密的內容除外。
海洋功能區劃的編制應當明確各海洋功能區的開發保護重點、開發順序、保護要求和控制措施。第十壹條市生態環境行政主管部門應當會同有關部門和區政府，根據海洋功能區劃，制定本市海洋環境保護規劃，並按照法定程序批準後向社會公布，但涉及國家秘密的內容除外。
海洋環境保護規劃應當遵循保護和改善生態環境、保障海域可持續利用的原則，明確海洋環境保護的目標、標準和主要措施。第十二條漁業行政主管部門應當會同自然資源、生態環境、交通運輸、港口、海事、航道等有關部門，根據全市海洋功能區劃，制定養殖水域灘塗規劃，報同級政府批準後實施。
養殖水域灘塗規劃應當明確禁止養殖區、限制養殖區和養殖區，以及養殖區的範圍、容量、控制目標和主要控制措施。第十三條市海洋行政主管部門會同自然資源、生態環境等有關部門編制全市海島保護規劃，並報市政府批準後實施。
海島保護規劃是海島保護和利用活動的基礎，規劃應當遵循保護和改善海島及其周邊海域生態系統、促進海島可持續發展的原則。第十四條海洋功能區劃是編制涉海規劃的基礎。本市港口規劃以及涉及水產養殖、交通運輸、旅遊、濕地保護等用海島嶼的規劃，應當符合海洋功能區劃。
本市海洋功能區劃、海洋環境保護規劃和海島保護規劃應當與本市國民經濟和社會發展規劃、土地利用總體規劃和城市總體規劃相銜接。第三章保護措施第壹節海域保護第十五條開發利用海洋資源應當按照海洋功能區劃合理布局，遵守海洋生態紅線控制要求，維護海洋生態健康和安全。第十六條加強大陸自然岸線保護，禁止建設項目非法占用或者破壞自然岸線。加強受損岸線整治修復。
海洋行政主管部門應當定期公布依法選定的嚴格保護海岸線、限制開發海岸線和優化利用海岸線。
本條例所稱自然岸線，是指陸地和海洋相互作用形成的岸線，包括沙質岸線、泥質岸線、基巖岸線、生物岸線和其他原生岸線。第十七條禁止在重點海灣、海洋自然保護區、海洋特別保護區、重點河口區、重要濱海濕地、重要沙質海岸線和沙源保護海域、特別保護海島和重要漁業海域圍填海；嚴格限制在生態脆弱敏感區和自凈能力差的海域實施圍填海。