發展改革、公安、財政、國土資源、農業、林業、環保、旅遊等部門應當按照各自職責，做好小型水庫的監督管理工作。第五條市和區、縣人民政府應當按照“誰投資誰所有”的原則，確定小型水庫的產權，並頒發產權證書和登記證書。第六條區、縣水行政主管部門是區、縣人民政府小型水庫的主管部門。鎮人民政府和街道辦事處是鎮(街道)、農村集體經濟組織和社會資本投資建設和管理小型水庫的主管部門。
水庫主管部門應當明確水庫管理單位和管理人員，制定管護責任，簽訂管護協議，明確管護責任，籌集水庫管理資金，督促水庫管理單位履行工程管護、防洪抗洪等各項職責，確保水庫安全運行。第七條水庫管理單位應當履行下列職責:
(壹)負責水庫的日常運行和維護；
(二)水庫調度、工程巡查、安全管理和防洪等管理制度的執行情況；
(三)對水庫工程進行定期維護，確保設施設備完好；
(四)制止任何單位和個人向水庫排放(傾倒)有毒有害汙染物，危害水庫水質；
(五)建立水庫工程驗收記錄，完善工程檔案，建立壹庫壹檔；
(六)根據上級防汛指揮機構的命令，組織或者參與防汛抗洪；
(七)維護水庫管理秩序，確保水庫安全。第八條水庫主管部門應當組織管護人員進行業務和崗位培訓，持證上崗，提高水庫管護人員輸排水設施的操作技能和維護技能。第九條按照管養分離的原則，水庫主管部門可以通過招標或者委托的方式確定小型水庫維護單位，並與其簽訂維護協議。維護協議的期限壹般不超過5年。
縣水行政主管部門應當對水庫維護工作進行監督考核，對連續兩年考核不合格或者不服從調度的維護單位，應當依法解除維護協議。第十條新建、改建、擴建小型水庫應當按照下列規定報批:
(壹)新建小(1)型水庫或者將小(2)型水庫擴建為小(1)型水庫，應當報市水行政主管部門批準；
(二)新建小(2)型水庫，由縣水行政主管部門審批；
(三)小型水庫重建須報原批準機關批準。
符合降級運行或者報廢條件的小型水庫，由水庫主管部門按照水利部《水庫降級報廢管理辦法》的有關規定組織實施。第十壹條小型水庫應當具備到達樞紐主要建築物的必要交通條件，配備必要的工程和水文觀測設施、管理用房以及通訊和電力設施，保證管理工作的正常開展。第十二條小型水庫管理範圍為大壩及其附屬建築物、管理用房和其他設施；將庫區設計在有益水位線以下；壩趾外30米至50米的區域；壩端外30m至100m的區域；引水、排水等各種建築物的連接線從10米向外延伸50米。
小型水庫的保護範圍為水庫設計水位線至校核洪水位線之間的庫區；大壩管理範圍從70米向外延伸至100米；引水、排水等各類建築物管理範圍外250米。
小型水庫所在地的區、縣人民政府應當按照本條第壹款、第二款的規定劃定小型水庫的管理範圍和保護範圍，組織有關部門做好確權勘界等相關工作，埋設界樁，設立警示標誌。第十三條在小型水庫管理範圍內的建設項目，其建設方案和洪水影響評價報告應當報區、縣水行政主管部門審批，並接受監督。
因工程建設拆除或損壞原有水庫工程設施的，由建設單位承擔補償費用。第十四條任何單位和個人不得從事下列危及小型水庫安全運行的活動:
(壹)在水庫管理範圍內設置排汙口，直接或間接排放汙水、油汙、有毒有害物質、高殘留農藥和傾倒砂、石、土、垃圾、渣土及其他廢棄物；
(二)築壩或者侵占水庫；
(三)侵占或者損毀、破壞水庫工程設施及其附屬設施和設備；
(四)在大壩、溢洪道、輸水設施上修建建築物、構築物，或者開墾、堆放雜物；
(五)擅自啟閉水庫工程設施或者強行從水庫取水、引水的；
(六)毒魚、炸魚、電魚以及使用對人體健康有害的魚藥等危害水庫安全運行的活動；
(七)從事爆破、鉆探、采石、打井、采砂、冶礦、取土、修墳等活動的。在水庫管理和保護範圍內影響水庫安全運行的；
(八)其他危及水庫安全運行的活動。