在尼古拉斯壹行出發前，日本政府已經收到了駐華領事的電報。當時日本正處於明治維新，國力正在上升，但仍難以與歐洲列強抗衡，尤其是當時世界上數壹數二的軍事強國俄國，不敢怠慢。日本政府派出20多名官員前往長崎迎接尼古拉壹行，並下令港內所有商船不得停靠。其余船只懸掛俄羅斯國旗歡迎他們。為了保證尼古拉的人身安全，日本外相青木周藏除了嚴密警戒外，還與俄方部長商定，壹旦發生傷害，將根據日本刑法“傷害皇室罪”第116條予以處罰。
4月27日，尼古拉壹行抵達長崎。他壹踏上日本的土地，這個神秘的國家就引起了他的好奇心。這些穿著奇裝異服、木屐的日本人給尼古拉斯留下了終生難忘的印象。
5月9日，尼古拉壹行抵達京都。在遊覽京都的同時，浪漫的尼古拉斯也不忘遊覽充滿異國情調的浪漫之地。在那裏，日本藝妓給尼古拉斯留下了深刻的印象。他覺得穿和服的日本女人似乎比西方女人更溫柔，更優雅，而希臘王子格奧爾基陪他跳舞，逗得日本藝妓哈哈大笑。
5月11日，尼古拉斯從京都乘人力車來到大津市。城市雖小，卻是通往京都的交通咽喉，商賈雲集。拜訪了壹位當地官員的房子後，尼古拉斯壹行人上街購物。出於好奇，希臘的喬治王子買了壹根當地制造的竹拐杖，後來救了尼古拉斯壹命。正當尼古拉和格奧爾基乘人力車在狹窄的街道上觀光時，尼古拉突然覺得自己的右耳上方連續被打了兩下，頓時血流如註。他驚恐地轉過頭去，看見壹個日本警察雙手向他揮舞著軍刀。當他的隨行人員目瞪口呆時，尼古拉斯的反應相當迅速。他喊道:“妳在幹什麽？”他跳下車，用手捂住流血的傷口，想躲進人群裏逃走。看到這血腥的壹幕，在場的日本平民壹片混亂，向四面八方奔逃。無奈之下，尼古拉也顧不得考慮方向，只能拼命向前方跑去。大約走了幾十步，在壹個小巷的拐角處，刺客漸漸追上了尼古拉。就在他再次揮刀的時候，希臘王子格奧爾基及時趕到。他用剛買的竹竿把刺客打倒在地。隨後趕來的日本警察急忙用刀壓住刺客的脖子，將其制服。尼古拉斯終於逃脫了。隨行的醫生蘭巴赫急忙給尼古拉斯包紮止血。此時，尼古拉斯還驚魂未定，不停地說著“感謝上帝”。幸運的是，尼古拉斯雖然被刺了兩刀，但沒有生命危險。
事件發生後，日本政府立即開始調查。諷刺的是，兇手竟然是負責守護尼古拉安全的警察津田三藏。三藏津田是壹個極端的俄羅斯仇恨者。他認為尼古拉此行實際上是為了弄清日本的真相，為進攻日本做準備。日本不應該對尼古拉這麽客氣。為了表示對日本皇室的忠誠，也出於對皇室軟弱的憤怒，津田三藏實施了刺殺俄羅斯皇太子的瘋狂行動。這就是歷史上著名的“大津事件”，因事故發生在琵琶之南，故又稱為“湖南事件”。
轟動壹時的“大津暗殺案”爆發，消息傳來，震驚了全世界。在阪川宮明仁親王的陪同下，日本向天皇發去了緊急電報。明治天皇聽到這個消息後非常震驚。第二天，他派內科醫生去療養，後來又去停泊在神戶港的俄羅斯軍艦吊唁尼古拉王儲，表示深深的遺憾。日本政府也通過外交途徑向俄羅斯政府道歉，並承諾按照兩國協議嚴懲兇手，將怒火發泄在俄羅斯王儲身上。
全日本，同樣的感覺震撼，人民無比羞愧。從議會大廈到各州、縣、市、鎮、村，超過10，000份吊唁和道歉的電報發給了在聖彼得堡的尼古拉王儲和沙皇。日本人深怕俄國人報復，發動對日戰爭。所有的學校都關閉了，在神社和寺廟裏，我們為王儲尼古拉斯的康復祈禱。山形縣金山村禁止以兇手的名字命名，三藏津田。5月20日，為了平息俄羅斯人的憤怒，壹名日本女子鳩山由紀夫在京都府廳前留下道歉字條，用剃刀刺傷自己，被中國人譽為“烈士”。
刺殺事件後，日俄關系降至冰點，戰爭似乎壹觸即發。沙皇揚言，如果日本不能給出滿意的答復，將毫不猶豫地面見。壹時間，日本海峽戰雲密布。如何妥善處理這壹案件，讓名譽掃地的日本官方在用外交道歉安慰的同時，陷入了壹場漫長的考試。為了維護日本的外交聲望，維護日俄關系，日本首相松澤征爾召開緊急內閣會議，會上達成壹致，以“十惡不赦罪”的罪名處決罪犯津田三藏，承擔國際法上的政府責任。在外交上，刻不容緩。殺壹波人有什麽可惜的？並且內閣決定處理善後事宜，並通知了前首相、現任參議院議長伊藤博文。
日本最高司法機關最高法院迅速組建特別法庭。當晚，壹名預審法官和兩名檢察官審理了“大津案”。然而，主張嚴、快、重的司法機關和行政機關很快就在如何適用刑法上產生嚴重分歧，僵持不下。日本內閣辯稱，此案涉及日俄外交關系，俄羅斯已做好發動戰爭的準備，兩國早有秘密協議，因此有必要重判。新任命的大陪審團主席小島康譽謙虛而憤怒。就法律而言，日本《刑法》第116條規定，任何傷害天皇、皇後、皇太子等日本皇室成員的人，無論未遂與否，都將被判處死刑。這種危害皇室罪，也就是俗稱的叛國罪，只適用於保護日本皇室成員的人身安全，而不適用於訪日的外國皇室成員，他們的地位與普通日本國民無異，其理由非常明確。
按照現代刑法的罪刑法定主義，沒有明文規定不是犯罪，也沒有明文規定不處罰。類推是刑法最忌諱的，貿然擴大解釋會動搖刑法的根基。在這種情況下，只能按照普通的謀殺未遂罪判處被告無期徒刑。此外，明治憲法規定，在法治國家，政府必須完全遵守法律，不得玩弄法律。
日本行政部門不這麽認為，因為這關系到兩國的外交關系和國家的切身利益。此外，兩國政府事先已達成協議，事後內閣決定適用刑法第116條，並已告知俄羅斯等原因。首相松澤正芳親自去見了小島康譽院長，表達了他的觀點。同時，通過密切聯系，安排親戚朋友和學長向七位主審法官施壓，讓他們接受對方為國。避免日本外交出爾反爾，防止俄羅斯借機挑釁。在強大的壓力下，大部分法官動搖了，同意尊重日本內閣的重判。
大陪審團主席小島康譽有20多年的司法經驗。他知道，雖然兩年前頒布的明治憲法規定了司法獨立原則，但日本行政權占主導地位，司法權根基不深，隨時可能胎死腹中。這個案例很有意思。壹旦司法部門屈服於行政部門的軟弱，以後就很難出人頭地了。他馬不停蹄地來到大津，向7名法官投訴。動之以情，曉之以理，力挽狂瀾，成功說服下屬同舟共濟。
法官的職責是依法審判，日本司法能否獨立岌岌可危。他鼓勵法官:“由於法律沒有明文規定，不能草率判處死刑。堅持原則，拒絕屈服於政治壓力。先生們，誰在捍衛司法獨立？”
日本政府得知這壹消息後，立即派內務大臣西鄉從道和法務大臣山田健壹壹起遊說法官。沒想到的是，7名法官以司法獨立為由，拒絕在開庭前會見行政官員。法務大臣山田明吉聽到這個消息，氣得七竅生煙。想不到平時溫文爾雅的法官也敢如此“放肆”，破口大罵:“多好的法官，怎麽敢如此無禮？”
公判前夕，5月25日，駐藏日本總檢察長美穂和法務大臣山田鹹宜祭出“王牌”，聯合發布詔書，規定《刑法》第116條可以擴大解釋。水能載舟，亦能覆舟。法律功底深厚的二道子，為人謙和，站出來以其人之道還治其人之身。他笑了。《刑法總則》第三條白紙黑字寫著，禁止法律的溯及力原則。幾乎毫無疑問，新法令不能適用於Otsu案。小島康譽對法官說，如果判決曲解法律，負責監督的大審判院長將辭職，以回應天皇和感謝世人。5月27日1891正式開庭，證據調查結束。總檢察長三好和檢察官川木先後發言，主張適用刑法第116條，理由是傷害外國皇室和傷害國內皇室是壹樣的。辯護律師顧澤和鐘山針鋒相對，強調現行刑法沒有加重處罰的規定。
重壓之下，日本大法院特別法庭以《刑法》第292條謀殺未遂罪，毅然判處被告津田三藏終身苦役。判決壹出，司法獨立於行政權。日本的行政機關，如吃了壹記響亮的耳光。外相青木明三、內政大臣西鄉從道和法務大臣山田明義被迫幹預司法，人們發現他們已相繼辭職以表明他們的責任。
事前態度強硬的俄羅斯，苦於國力下降，戰備嚴重不足，只能吞下苦果。借口皇太子尼古拉傷勢不重，日本天皇親自登門拜訪，日本政府多次誠懇道歉，實際上把這件事鬧大了。憤然離開日本的尼古拉皇太子只能私下咒罵:“日本人真是壹群東方獼猴！”
後人稱贊二島是日本司法的守護神，奠定了日本司法獨立的基礎。他嚴厲地告訴內閣總理大臣宋芳:“這位下等官員不是什麽人才，被皇帝尊稱為大審庭長。無論內閣如何討論和決定，如果他的解釋歪曲了法律的精神，他絕不會接受。”他還說:“在不曲解法律的情況下，必須有其他策略來維護國家利益。憲政國家如果缺乏法律的威嚴和正義，必然失去存在的意義。”面對多名內閣大臣，這似乎就像是在問小島康譽·錢偉:“如果這導致了日本國的滅亡怎麽辦？”小島康譽很生氣:“如果日本因此而滅亡，就讓它滅亡吧。至少世界會記得日本曾經是壹個司法獨立的國家。”
西方國家稱贊日本這個後起之秀能夠實現司法獨立，讓人眼前壹亮，難能可貴。高舉司法獨立大旗的日本乘勢修改與英法美的不平等條約。此案對日本司法權影響深遠，最終擺脫了行政權的支配和操縱，實行了明治憲法所推行的分權制衡。
在壹片贊譽聲中，有學者冷靜地指出，根據日本刑事訴訟法，本案應由案件發生地的大津地方法院審理，但最高法院組成專門法庭進行審理是違法的。大陪審團主席尼吉馬·錢偉沒有親自參與審判，而是向主審法官下達裁決，這也與司法獨立的本質——法官獨立相去甚遠。特別法庭的大多數法官更加搖擺不定。至於刺客津田三藏本人，被送往北海道釧路監獄，同年9月29日死於獄中。死亡原因是急性肺炎，疑點重重。至今仍有人認為可能是政府謀殺。