地熱水資源的所有權性質不因其所在土地、地上附著物和取水工程的所有權性質的改變而改變。第五條地熱水資源的保護、開發、利用和管理應當遵循統壹規劃、保護優先、科學勘查、有計劃開采、合理利用、總量控制、市場配置、有償使用的原則。第六條市、縣(含縣級市，下同)人民政府水行政主管部門是本地區地熱水資源管理的主管部門，負責地熱水資源的開發、利用、保護和管理，並協調、監督和指導其他部門依法做好地熱水資源管理工作。
自然資源部門依法負責地熱水資源的勘查工作，並依據《中華人民共和國礦產資源法》履行相關職責。
發展改革部門負責依法辦理地熱水資源企業投資項目設立相關事宜，並按照《企業投資項目核準和備案管理條例》履行相關程序。
財政、公安、住房城鄉建設、市場監管、生態環境、文化旅遊、衛生、農業農村等部門應當按照各自職責做好相關工作。第七條地熱水資源的開發利用應當實行科學管理，保持采補平衡，實現可持續利用。
對開采地熱水資源的單位和個人，應當采取實行計劃用水、控制取水量、建立價格調整機制等措施，實現地熱水資源開采與補償的平衡。
新開發地熱水資源的單位和個人應當科學論證，根據數量確定需求量，保持采補平衡。第八條水行政主管部門應當組織有關專家進行實地考察和評估，科學確定地熱水保護區及其界限，並發布公告，公布界標。第九條任何單位和個人都有保護地熱水資源的義務，並有權對地熱水資源保護和管理過程中的違法行為進行檢舉和控告。市、縣人民政府對查證屬實的舉報，應當對舉報人給予表彰和獎勵。第十條地熱水資源保護、開發利用的綜合規劃和開采計劃，由市水行政主管部門會同有關部門制定，報市人民政府批準後實施。
地熱水資源的長期供求計劃、年度限制開采計劃和水量分配計劃，由水行政主管部門制定，報同級人民政府批準後實施。第十壹條從事地熱水資源勘查的單位和個人，應當向供水行政主管部門如實提供地熱水資源勘查成果和歷史資料，包括深度、溫度、範圍等地質條件。地熱水資源保護、開發和利用的規劃區，由水行政主管部門和有關行政主管部門確定。
取得地熱水資源勘查許可證的單位或者個人，應當向水行政主管部門申請建設。第十二條開發利用地熱水資源，應當依據《中華人民共和國行政許可法》實行取水許可制度，縣級水行政主管部門應當向市水行政主管部門備案。
開采地熱水資源進行商業經營的用水戶，應當持取水許可證到自然資源行政主管部門登記，並辦理相應的采礦許可證。
取水單位或者個人要求變更取水許可證載明事項的，應當按照本條例的規定向原審批機關提出申請，並辦理相關變更手續。第十三條地熱水資源取水許可證有效期壹般為五年，最長不超過十年。有效期屆滿需要延期的，取水單位或者個人應當在有效期屆滿45日前向原審批機關提出申請，原審批機關應當在有效期屆滿前作出是否延期的決定。第十四條取水申請批準後三年內，地熱水取水項目或者設施未開工建設，或者需要國家審批的建設項目未經國家審批的，取水申請批準文件自動失效。
停止取水滿兩年的，原審批機關應當註銷取水許可證。因不可抗力或者重大技術改造已停止取水滿兩年的，經原審批機關同意，可以保留取水許可證。第十五條地熱水資源項目建設單位未取得取水許可批準文件的，鑿井施工單位不得承接地熱水資源建設單位的鑿井工程。第十六條水行政主管部門應當建立地熱水資源動態觀測制度。
開發利用地熱水資源的單位和個人，應當進行水質檢測，符合國家有關標準後，方可正式取水經營，並按照規定報送地熱水的水位、水溫、水質、出水量等資料。