風險管理的概念需要更新。稅收風險管理作為國際上先進的管理理念，引入我國稅收管理實踐的時間並不長，稅務人員對稅收風險管理理念的學習和理解還有壹個過程。稅收管理仍停留在原始思維模式，風險管理尚未廣泛應用於稅收征管，征稅人與納稅人法律地位平等的觀念尚未從根本上確立，納稅人仍忽視稅收遵從和風險管理。
稅收征管程序需要規範。現行的稅收征管程序是以原有的“34字稅收征管模式”為基礎的，在新的稅源專業化管理體制下，這種模式已經過時和不完善。稅源管理缺失問題明顯，重點稅源管理程序不細化，中小稅源管理程序過於復雜。納稅評估法律地位不明確，納稅評估質量不高，納稅申報真實性、合法性審查不到位，稅收征管查處協調不協調，制約了稅收征管質量和效率的提高。
稅源分類管理有待完善。稅收管理員制度明確規定了分戶管理與分類管理相結合、屬地管理與分類管理相結合的原則。但在實際稅收征管工作中，稅收管理員仍習慣於屬地劃片的固定戶管理方式，稅源管理職責劃分不夠科學，均衡配置所有納稅人稅收征管力量，導致重點稅源、重點行業等高風險領域管理力量不足，稅收征管力量占比相對較低，壹些復雜涉稅事項管理水平較低。
稅收管理信息化水平有待提高。信息化稅收管理對稅源管理起支撐作用，無法落實“全面、及時、準確”六字數據采集要求，現有數據質量水平不高；政府部門等第三方配合不夠，第三方信息共享平臺未建立，內外部涉稅信息比較困難；數據分析的指標很多，但是沒有統壹的數據分析模型，沒有統壹的數據分析應用平臺。傳統的分析方法已不能適應信息化稅收管理的新形勢。
稅源管理運行機制有待加強。由於稅源管理的運行機制還處於探索過程中，完善互動機制的相關法律法規還不夠。對內，現行稅源互動機制不夠順暢，銜接不緊密，影響了其應有的有效性；對外，稅務機關與政府部門之間缺乏信息交流，部分部門對稅收協調和護稅工作重視不夠，主動參與的積極性不高，不願意提供涉稅信息，增加了稅源監控的難度。
二、完善現行稅收管理的對策
轉變管理理念，實施稅務風險管理。稅務機關要把風險管理的理念和方法貫穿於稅收征管全過程，根據稅源分布和構成特點制定稅收風險管理戰略規劃，加強稅收風險事前防控，探索和完善企業稅收管理和服務機制，完善風險評估、監測和應對體系，幫助納稅人自覺提高風險防控能力。深入分析查找風險源，總結稅收風險管理的方法和規律，分行業研究制定稅收管理指引，加強稅源監控和評估。建立健全風險管理指導下的稅收征管流程，逐步實行“統壹分析、分類應對”，開展統壹的風險分析監測，開展風險分析識別、排序、任務推送、監測評估。實施風險分類應對，對低風險納稅人進行納稅輔導和風險提示，為納稅人提供自我糾錯的機會；中高風險納稅人的納稅評估；對涉嫌偷稅騙稅的納稅人，依法移送稽查部門查處。
加強系統管理，規範稅收征管程序。完善納稅人自主申報、代扣代繳、代收代繳、稅務機關依法審批納稅等制度，進壹步減少涉稅審批事項和受理申報前調查確認等制度安排，使納稅人成為自主遵守稅法的主體。在明確雙方權利義務的基礎上，按照納稅申報、納稅評估、稅務檢查、強制征收、法律救濟等環節，優化稅收征管的基本程序。納稅人依法自覺履行納稅申報義務，承擔納稅申報的法律責任，稅務機關為納稅人申報納稅提供納稅服務；稅務機關受理納稅申報後，應當對納稅人的納稅申報進行納稅評估；有偷、逃、騙稅等嚴重違法情形的，應當進行稅務檢查；對不依法履行納稅義務的，稅務機關應當采取稅收保全、強制執行等措施追繳稅款；納稅人對稅務管理決定不服的，可以依法申請行政復議或者提起訴訟，獲得法律救濟。
實施科學識別，推進分類管理。根據納稅人規模和行業，兼顧反避稅、出口退稅等具體業務，科學劃分稅源。大型企業應參照國家相關標準，結合稅收管理的特點確定，根據納稅人的類型和特點，分解各級、各部門、各崗位的稅源管理職責，逐步使各級稅務機關成為稅收風險管理的主體。各級稅務機關在抓好大企業管理的同時，要重點抓好占稅收收入80%左右的重點稅源管理，因地制宜制定切實可行的非大企業重點稅源管理辦法。對於中小企業，可以按行業進行專業化管理，也可以因地制宜，采用集約化管理。對於個體工商戶，當稅務機關的直接管理力量不足時，在依法核定納稅定額的基礎上，可以實行委托征收與稅務機關監管相結合的辦法。對於自然人納稅人，加強源頭控制、代扣代繳或委托代征稅款的管理，特別是充分利用第三方信息加強對高收入人群的稅收管理。
改進稅控模式，加強信息化稅收管理。以解決雙方信息不對稱問題為重點，以涉稅信息采集、分析和應用為重點，依托現代信息技術，加強業務與技術融合，推進業務、制度和技術創新，優化資源配置，不斷深化信息化稅收管理。完善信息管理規範和標準體系，統壹涉稅信息數據標準和口徑，規範和加強數據采集，不斷提高數據質量。推進與政府其他部門的信息共享，拓展數據采集渠道，及時、完整、準確地采集納稅人申報信息和第三方信息。建設數據分析應用系統，完善稅源監控系統和收入核算管理平臺，加強信息應用，強化分析比對，促進稅收管理。綜合運用稅收彈性分析、稅收負擔分析、稅收關聯分析等方法，深入開展經濟稅源分析、政策效應分析、管理風險分析和預測預警分析，增強稅收分析和應對能力，提高稅收信息化管理水平。
加強內部管理，完善稅源管理運行機制。加強統籌協調，建立健全各級稅務機關之間、稅務機關內部部門之間、稅務機關與外部部門之間的稅源管理運行機制。完善縱向互動機制，按照分類分級管理要求，合理劃分各級稅源管理職責，科學界定稅收管理員職責，探索提高跨區域經營納稅人管理水平，加強縱向協作。完善橫向聯動機制，加強稅收分析、納稅評估、稅務稽查等環節，以及國稅局和地稅局在戶籍管理、信息共享、稅收執法等方面的協作。建立對外合作機制，加強與相關部門和社會組織的溝通，推進政府主導、稅收負責、部門協同、社會參與的信息共享和稅收保障體系建設，積極推動制定行政法規、地方性法規、政府規章等保障征管的措施，積極參與各級政府建立的信息共享平臺和社會信用體系建設。