但是，隨著經濟體制改革的深入，特別是構建社會主義和諧社會的艱巨任務，對政府行政管理體制改革提出了許多新的更高的要求。當前，深化行政管理體制改革的關鍵仍然是轉變政府職能。
行政管理原理告訴我們，在行政管理系統中，職能、結構和功能是有機結合的重要組成部分和方面。三者中，功能是邏輯起點，決定組織、結構、機制，最終表現為效率。政府職能是行政管理的基本問題，是政府壹切活動的邏輯起點和現實起點。政府權力來源於法定的政府職能，政府的其他壹切要素都來源於職能。職能定位是否正確，是政府能否正確行使權力、發揮相應作用的關鍵。
行政管理體制改革和機構改革是壹項系統工程，各種權力配置、運行機制和協調機制的建立和運行會與職能和機構相互影響。政府職能的發展變化是機構改革的內在動力，機構的設立和變化必須服從職能的變化。從中國行政改革的歷程來看，我們的機構改革與職能轉變顯然是正相關的，其趨勢與市場經濟的發展密切相關。市場經濟越發展，政府職能轉變越深入，機構改革越有效，職能設置和機構設置的科學性和匹配度也會相應提高。
行政管理體制和機構改革以政府職能轉變為核心，這是抓住了治本之策。這既是改革的主題，也是改革的總體要求。要通過改革把不該政府管的事轉移出去，把該政府管的事管好，從制度上更好地發揮市場在資源配置中的基礎性作用。無論是機構調整整合，還是部門職責界定，都要有利於政府全面履行職能，有效解決缺位、錯位、越位和權責分離、職能交叉、推諉扯皮、效率低下等突出問題，推動科學發展，促進社會和諧，更好地實現好、維護好、發展好人民群眾根本利益。檢驗行政管理體制和機構改革的成效，既要看政府機構調整是否科學合理，也要看政府職能是否真正轉變為經濟調節、市場監管、社會管理和公共服務。
政府應按照市場經濟規律履行經濟調節職能。政府對經濟運行的宏觀調控是現代市場經濟的重要職能和重要特征。單純依靠行政權力直接配置資源，完全讓市場配置資源，都有其局限性。政府應制定宏觀調控經濟運行的制度安排，調整的程度和範圍應由市場失靈的程度和範圍決定。第壹，制定國家經濟發展戰略，主要包括經濟增長目標、結構優化目標、人民生活水平提高目標。二是保證經濟發展戰略和計劃目標的實現，主要運用經濟和法律手段有效調控經濟運行。三是確保經濟體系正常高效運行，促進經濟又好又快發展。
政府應加大整頓和規範市場經濟秩序的力度。現在市場秩序有所好轉，但在壹些方面和領域還存在不少問題。如偷稅漏稅、商業欺詐、財務失真、違反財經紀律等行為時有發生，假冒偽劣商品、文化市場混亂、工程質量差等問題比較突出，影響了正常的市場秩序。這些都說明政府的市場監管力度不夠，政府的市場監管職能不到位。
要進壹步強化政府的社會管理職能。在現代社會，隨著民主政治的發展和公民素質的提高，政府的社會管理職能應與充分發揮公民的自我管理和社區自治有機結合起來。良好的社會管理不僅是構建和諧社會的基本要求，也是促進經濟增長和社會全面發展的重要手段。
政府應該提供更多的公共服務。提供公共產品，如基礎教育、公共衛生、公共文化、社會保障、科學技術、體育休閑、基礎設施、環境保護、發布公共信息等。，既是為市場創造良好外部環境的重要舉措，也是讓人民享受發展成果、實現人的全面發展的重要舉措。政府應該在公共服務上投入更多的資源，使社會發展更加均衡。
轉變政府職能，要著力處理好五個關系。
第壹，要正確處理經濟發展和社會發展的關系。當前，要狠抓社會事業發展，特別是要把那些促進經濟運行質量提高的社會事業和解決民生問題的公共事業作為重點和重點，努力增加公共產品數量，不斷提高公共服務的服務水平，形成全方位的公共服務體系。總的來說，目前政府的公共服務職能還比較薄弱。要切實調整政府工作績效評估標準，使強化政府公共服務職能在績效評估體系和行政問責制中得到體現，在政府職能轉變中發揮導向和監督作用。
二是處理好“管理”和“服務”的關系。服務型政府不是加強管理，而是使政府的管理職能更多地向服務方向轉變。服務型政府的本質是政府在履行自身職能時堅持以人為本，充分體現“以社會為本，以人為本”的精神。在決定政府該管什麽、不該管什麽時，首先要看社會和人民是否需要，並以此作為確定政府責任和職能的依據。政府在制定政策、實施管理、提供服務時，要從公共性的角度來考慮。政府是公共權力最重要的載體。它應該是社會公共利益的代表，社會秩序的維護者。它應該通過提供公共產品來行使行政權力，實施積極的公共管理，以公眾需求和經濟社會發展的需要為導向，以公眾滿意度和促進經濟社會協調發展的努力作為衡量其績效水平和成效的重要標準。以優質服務促進經濟社會協調發展，滿足人民群眾日益增長的需求。
三是處理好改革體制和創新機制的關系。要規範行政審批制度，創新管理體制和方式。行政審批制度改革需要進壹步深化。壹方面，繼續清理行政許可事項和非行政許可事項，該取消的堅決取消，能下放的盡快下放；能由壹個政府部門審批的項目，盡量由壹個政府部門審批，減少“多頭審批”現象。另壹方面，對於暫時保留的審批事項，要減少審批環節，提高審批效率。減少行政審批事項和審批環節，不僅符合經濟社會運行規律，也符合當代行政發展規律。當然，減少行政審批事項絕不是政府可以放棄的事情。而是要練好內功，大力創新管理體制和方式，探索出壹套適應發展、促進發展、保障發展的管理體制和行政方式，提升政府引領經濟社會協調發展的能力和水平。
四是處理好政府職能與其他社會主體職能的關系。政府職能在轉變過程中也要發揮社會的作用。在社會管理和公共服務中，要發揮政府的主導作用，引導市場主體、事業單位和社會組織各自職能履行到位，避免政府角色退出相關領域後出現職能缺位，確保政府職能轉變取得實效。
第五，要正確處理職能改革和依法行政的關系。依法治國是我們的基本方略，政府職能法定是現代行政的基本要求，依法行政是建設服務型政府的根本保證。政府職能轉變要堅持“職能法定”原則，依法界定和科學規範政府職能，防止政府職能改革的隨意性。在履行政府職能時，我們必須不斷創新，勇於探索，嚴格依法辦事。