1961年8月，為適應運輸生產需要，成立福州、邵武、永安、廈門四個辦事處，作為鐵路局的派出機構。1963年3月，廈門辦事處撤銷，轄區劃歸永安辦事處管轄。
1965年5月，福州鐵路分局成立，下設辦公室、安全監察室、運輸部、機車車輛部、工務電務部、計劃統計部、財務物資部、勞動工資部和三個部(軍事動員部)。
1971年11月，福州鐵路分局設立辦公室、生產指揮部、政治部、保衛處，每個處下設若幹個組。辦公室有壹名秘書和壹個行政管理小組；生產指揮部有運輸、機械、電力、安全、財務計劃、勞動、材料、衛生和生活組；政治部有組織、幹部、管理、教育、群眾運輸和直屬工作小組；保衛處下設辦公室、保衛處、保衛組和治安組。
1972年6月福州鐵路分局設立辦公室、安全監督室、綜合技術室、運輸科、機車車輛科、工務電務科、計劃科、人事科、財務部、治安分局、人武部。
1978年9月，撤銷分局綜合技術室，成立總工室；運輸區段分為運輸區段、貨運區段和客運區段；機車車輛部分為機車部和車輛部；公共工程和電力部門分為公共工程部門和電力部門。
1984 11月，基建分公司成立。1985 1材料管理科成立，6月成立審計科。1987 65438+10月成立房屋建築與土地事業部。
1991年初，鐵路煙草專賣管理處籌備組成立，籌備組下設辦公室，負責福州、國坑、廈門三個煙草管理處的籌建工作。4月成立地方鐵路公司籌備組，5月成立保價運輸處。為適應工作需要，支部教育辦公室更名為教育委員會；集體企業分支機構更名為集體經濟管理分支機構，法律顧問分支機構更名為法律室；分局路風建設辦公室原來是黨委設立的，年內改為行政編制，受分局和分局黨委雙重領導。11年6月成立綜治委辦公室，隸屬於支部黨委領導。65438+2月，地方鐵路辦成立。
1992年6月，福建鐵路房地產綜合開發公司成立，福州鐵路分局房地產開發公司籌備組撤銷。機關基建辦，原來由房管、土管分局管理，劃歸公司管理。6月，福建地方鐵路發展公司成立，與分局地方鐵路辦實行壹個機構、兩塊牌子的管理模式。同時，分局地方鐵路公司籌備組撤銷。7月，福州鐵路分局勞動調劑中心成立，隸屬分局勞動處。同月，福建鐵路經濟技術開發公司成立，下轄福州鐵路運輸發展公司、福州鐵路旅行社、福州鐵路美術廣告公司、武夷鐵路別墅、福建鐵路建材公司、泉州鐵路客貨運輸公司和福州、國坑、廈門鐵路煙草專賣管理處。公司和分局的多元化分支機構實行壹個機構、兩塊牌子的管理模式。分局鐵路煙草專賣管理處籌備組撤銷，福州、郭坑、廈門鐵路煙草專賣管理處劃歸福建鐵路經濟技術開發總公司管理。8月，萊州鐵路中學撤銷，人員設備並入南平鐵路中學。9月，福州鐵路分局節能監測站成立，作為分局下屬單位。9月，福州鐵路分局成立，地方廠礦擁有自己的車管所，是壹個多元化的管理體系，隸屬於分局車輛科。
1993，撤銷建築土地局，劃歸工務司；取消物資科，劃歸規劃與制度科；撤銷機構安全科，將其轉到行政科；生活衛生處改為衛生處；撤銷分支機構下的道路紀錄辦事處；設立壹個行政部門，負責福州的總務、財政、安全以及生活與公共事業之間的協調。5438年6月+10月成立分公司資金調度中心，由財務部牽頭；3月，“五壹”列車管理部成立；同月，人才交流培訓中心成立，由人事部門牽頭；5月，養老保險管理中心成立，隸屬勞動部門領導；價格管理科於7月成立；同月成立廈門水電段，同時撤銷永安水電段；廣佳進出口公司(由上海鐵路局主辦)於二月成立。
1994根據《上海鐵路局關於調整鐵路分局部分管理機構建制的通知》精神，經上海鐵路局批準，從1994年6月1日起，設立分局辦公室、總工程師辦公室、安全監督辦公室、運輸部、貨運部、客運部、機務部、車務部、工務部、電務部、計劃部。6月，支部教育委員會和職教部合並為教育委員會，負責支部通識教育和職教管理中心。6月，廈門工務段成立，國坑工務段撤銷。廈工務段是分局直屬單位，負責線、漳支線K537+000以南橋梁設備的維護。9月，國坑鐵路中國與鐵小合並，更名為國坑鐵路職工子弟學校；9月，廈門市園林綠化工程管理處成立，漳平林場撤銷。廈門市園林綠化工程管理處是分局直屬單位，負責廈門鐵路轄區及分局鐵路線路兩側的環境綠化工作。
1995根據《上海鐵路局關於將材料廠移交分局管理的通知》，上海鐵路局直屬單位永安、邵武材料廠由1995年7月1移交分局領導。5月，分公司科技發展中心成立，福建鐵路電子科技發展公司註銷。5月起，分局電大工作站業余中專由分局職工學校管理；7月，分公司勞動保護服務中心成立；7月，資溪鐵校撤銷，邵武鐵路中心小學與邵武二鐵校合並，更名為邵武工人子弟小學；8月，撤銷分公司法律室，工作劃歸分公司業務管理處；8月，分局多種經營發展中心成立，撤銷分局多種經營支局。截止1995年末，分公司擁有31個部門。