負責商會的文秘、行政、人事、勞資、財務、公關、接待、後勤事務，以及綜合協調、檢查監督；負責總裁辦公會議和總裁辦公會議的籌備和組織工作。
廣告部
負責商會官方網站、官方報紙和通訊的管理和運營；負責網絡設備的正常運行和維護；負責商會大事記和宣傳資料的收集、撰寫和編輯；負責商會與各級黨委政府宣傳部門及中外新聞媒體的溝通；牽頭組織商會和秘書處的新聞發布會，策劃組織其他重要的對外宣傳活動。
成員部門
牽頭會員發展、會員活動、會員訪問、會員服務、會員意見和反饋、會員費收取；團隊成員的日常聯系和對口服務；籌備和組織會員大會(會員代表大會、理事會和常務理事會)；代表秘書處指導協調順德辦事處、企業家健康服務中心、人力資源服務中心、廣東商聯人力資源公司的工作；會同合作部和國際部組織會員企業進行國內外商務考察。
合作部
負責商會的經貿合作和區域合作，組織會員企業參加各級政府和商會會同會員部、國際部組織的經貿考察、經貿洽談、項目推介和項目對接，促進會員間多種形式的合作，為會員企業對外投資和招商引資提供綜合服務；承擔投資中介分會秘書處日常工作，整合全省投資中介服務資源，收集、整理、發布國內外投資需求信息，建立省級投資中介服務體系和國際投資者工作網絡，承擔政府和企業委托的投資代理、項目論證和專項工作；代表秘書處指導和協調投融資擔保服務中心的日常工作。。
權利保護辦公室
會同法律部門宣傳貫徹國家和省有關法律、法規和規章，組織企業維權的專業培訓和理論研討；通過各種渠道向政府反映會員和企業維護自身權益的合理要求；受理商會會員及相關企業的維權申請；組織推薦法律中介機構承辦會員或企業的訴訟委托。牽頭組織開展行業維權和行業自律活動；接受政府部門委托的企業維權相關業務。
展覽部
負責承辦商協會主辦(或協辦)的大型展會，承辦政府承辦商協會主辦或協辦的各類展會；承擔會展合作專業委員會秘書處日常工作，促進全省會展業資源整合和相互合作，代表商會履行中國商會“會展聯盟”副會長單位的權利和義務；配合政府部門推進會展業的行業管理和行業自律，組織專家開展會展經濟專題研究；及時向政府反映會展企業的聲音，維護會展業的合法權益；會同國際部組織會員企業出國參展，並代表秘書處指導廣東郝波展覽有限公司的工作。
國際部
負責商會的外事、外聯和對外經濟工作，代表商會與各國駐華領事館、商務機構、商會以及外國商會和港澳臺商建立經常性的工作交流關系，組織會員企業赴國外參加國際展覽、商務考察、技術交流和專業培訓，為會員企業參與國際合作提供服務；與展覽部、合作部合作，邀請國際買家和投資者參加各級政府和商會(協會)組織的博覽會、交易會和商務考察，接受政府和企業的委托，招商引資；代表秘書處指導對外服務中心的工作，為來粵及其他地區采購商品、投資辦企業的外商、港商、澳商、臺商提供全方位服務。
工業部
負責商會的行業工作，宣傳貫徹國家和省行業法律法規；組織專家配合政府開展行業調查、行業規劃、行業認證和行業標準制定；承擔政府委托的行業管理和行業龍頭企業培育工作，向政府提出優化產業結構的政策建議；引導會員企業做好行業自律，組織企業參加國家和省級品牌評比活動，反映行業聲音，維護行業合法權益。
培訓部
負責商會的企業培訓工作，通過舉辦各類培訓班，促進省內企業的在職教育。重點開展與中央黨校合作的“廣東省優秀企業家研修班”、針對企業中高層管理人員的EMBA研修班、針對解決企業生產經營中重點難點問題的“現代企業大講堂”、針對資格證書的崗位技能培訓班、職業經理人培訓班、政府部門委托的各類專業培訓班。同時，根據省內人力資源需求，積極探索和推動與中外高校合作舉辦新專業學術班，或組織企業赴國外高校進行對口培訓。
法律部門
負責商會法律文件起草、法律知識培訓、法律咨詢、法律顧問等工作，為企業重組、並購、上市融資、對外合作提供專項法律服務；配合處理商會“維權辦”的維權申請，組織維權活動；指導秘書處下設的反傾銷和337調查法律援助中心和知識產權法律服務中心的日常工作，承辦國際貿易摩擦和知識產權糾紛的重大案件。
信息部(萬佳視頻工程辦公室)
信息部的主要職能是為會員提供信息咨詢服務。目前，信息部作為“萬家視頻電子商務服務工程”(簡稱“萬家視頻工程”)的執行部門，主要負責“萬家視頻工程”在全省的宣傳推廣工作。
“萬家視頻項目”由廣東省經濟和信息化委員會、廣東省中小企業局支持，廣東省商業聯合會信息部、廣州博眾信息技術有限公司共同組織實施，目前“萬家視頻項目辦公室”已在廣州、中山、東莞、佛山、惠州、江門等地設立分支機構，為中小企業提供相關政策和信息咨詢服務。
期刊編輯部
該刊編輯部於2009年7月正式成立，主要負責商會會刊《粵商之星》的編輯出版工作。發布商協會、會員單位、聯盟城市、產業聯盟的重大活動、經貿合作信息和投資項目；報道熱點經濟和社會新聞；評論社會經濟熱點問題；介紹優秀粵商和優秀粵商的企業和品牌。負責組織、策劃和實施與本刊相關的宣傳推廣活動。
順德辦事處
“辦公室”旨在加快廣佛區域合作和協同發展，協助佛山、中山、珠海、江門商會開展工作，提升整個珠三角的對外競爭力。基本功能是:
1，發展會員；
2.組織活動；
3.經貿合作；
4.業務檢查；
5.展覽和銷售；
6、專題研究、學術交流、教育培訓；
7.完成商會交辦的其他任務。