《廣西壯族自治區飲用水水源保護條例》未規定的飲用水水源保護管理、汙染防治和其他公害，適用本條例。
防治海洋汙染，適用海洋環境保護的有關法律、法規。第三條水汙染防治應當堅持預防為主、防治結合、綜合治理、公眾參與、損害責任的原則，優先保護飲用水源，嚴格控制工業汙染和城市生活汙染，防治農業面源汙染，積極推進生態治理和修復，預防、控制和減少水環境汙染和生態破壞。第四條各級人民政府對本行政區域的水環境質量負責，加強海綿城市建設，保護水體生物多樣性；統籌水汙染治理，對水汙染防治重大決策充分聽取公眾意見，及時采取水汙染防治措施，確保水環境質量達到國家和自治區規定的標準。
縣級以上人民政府應當將水環境保護納入國民經濟和社會發展規劃，完善政策體系，加大水汙染防治投入。
鄉鎮人民政府、街道辦事處應當在縣級人民政府及其有關部門的指導下，根據本轄區的實際情況，組織或者協助開展水汙染防治工作。第五條自治區、設區的市人民政府生態環境主管部門對水汙染防治實施統壹監督管理。
縣級以上人民政府發展改革、工業和信息化、自然資源、住房城鄉建設、交通運輸、水利、農業農村、衛生、應急管理、市場監督管理、林業、海洋與海事管理機構等部門在各自職責範圍內，對水汙染防治實施監督管理。第六條自治區實行水環境保護目標責任制和考核制度。縣級以上人民政府應當對水環境保護目標完成情況進行考核，考核結果應當向社會公布，並作為對各級人民政府領導班子和領導幹部綜合考核評價的重要依據。第七條直接或者間接向水體排放汙染物的單位和個人，應當承擔水汙染防治的主體責任。
向水體排放汙染物的企業事業單位和其他生產經營者，應當建立健全水環境保護管理制度，依法公開水環境信息，防止和減少水環境汙染和生態破壞，排放水汙染物不得超過國家和自治區規定的水汙染物排放標準和重點水汙染物排放總量控制指標。第八條公民應當增強水環境保護意識，自覺履行水環境保護義務。
鼓勵基層群眾性自治組織、社會組織、環保團體和誌願者積極參與水環境保護活動。
公民、法人和其他組織發現汙染水環境的行為，有權向各級人民政府、生態環境主管部門和其他負有水環境保護監督管理職責的部門舉報和投訴。人民政府及有關部門應當向社會公布舉報電話、電子郵箱，受理舉報、投訴後及時依法處理，將處理結果告知舉報人、投訴人，並對舉報人、投訴人的有關情況予以保密；舉報內容經查證屬實的，按照有關規定給予獎勵。第九條各級人民政府及其有關部門應當加強水環境保護宣傳教育，普及水環境保護法律法規和科學知識，增強公眾水環境保護意識，鼓勵和引導公眾參與水環境保護。
教育部門應將水環境保護知識納入學校教育內容；學校應當開展水環境保護知識教育，培養學生的水環境保護意識。
新聞媒體應當宣傳水環境保護的法律、法規、科學知識和工作，加強對汙染水環境違法行為的輿論監督。第二章水汙染防治標準和規劃第十條自治區人民政府可以根據改善自治區水環境質量的目標和經濟技術條件，對國家水環境質量標準和水汙染物排放標準中未作規定的項目，制定自治區水環境質量標準和水汙染物排放標準，並報國務院生態環境主管部門備案；對國家水汙染物排放標準已有規定的項目，可以制定嚴於國家水汙染物排放標準的自治區水汙染物排放標準，並報國務院生態環境主管部門備案。
自治區人民政府生態環境主管部門應當組織有關部門和專家對水環境質量標準和水汙染物排放標準的實施情況進行評估，根據水汙染防治的要求和經濟技術條件，適時提出制定或者修訂自治區水環境質量標準和水汙染物排放標準的方案，報自治區人民政府批準後實施。