本條例所稱水利權屬爭議，是指水資源使用權爭議和水利工程權屬爭議。第三條各級人民政府依法對本行政區域內的土地、山林、水利權屬爭議的調解處理負總責。國土資源、林業、水利等行政主管部門按照各自職責負責土地、林木、水利權屬爭議調解處理的具體工作。
縣級以上人民政府負責土地、林木、水利權屬爭議調解處理的組織、協調、監督和指導，負責人民政府交辦的土地、林木、水利權屬爭議調解處理的具體工作。
鄉鎮人民政府、街道辦事處按照本條例規定的職責權限，負責土地、林木、水利權屬爭議的調解處理。
設區的市設立的行政區和開發區管理委員會負責調解本地區的土地、林木、水利權屬爭議。第四條調解處理土地、林木、水利權屬爭議，應當遵循屬地管理、分級負責、先行調解、有利於生產生活、有利於經營管理、有利於社會和諧穩定的原則。第五條縣級以上人民政府及其國土資源、林業、水行政主管部門和設區的市設立的行政區、開發區管理委員會、鄉鎮人民政府、街道辦事處應當定期調查土地、林木、水利權屬爭議；如果可能發生群體性事件影響社會穩定，應采取有效措施防止矛盾激化，並向上級報告。第六條在土地、林木、水利權屬爭議解決之前，權屬爭議當事人不得單方面改變爭議範圍內的土地、林木、水利的利用狀況，不得毀壞農作物、經濟作物、附著物和水利設施，不得砍伐有爭議的林木。
權屬爭議雙方對有爭議的土地、林木、水利的利用狀況有異議的，由負責調解處理的行政主管部門或者調解機構根據實際情況確定。第七條權屬爭議當事人和其他人員不得利用土地、林木、水利權屬爭議擾亂社會管理秩序，不得阻撓和妨礙權屬爭議的調解和處理。第二章和解與調解第八條解決土地、林木、水利權屬爭議，應當引導權屬爭議雙方當事人通過勸導、說服等方式互諒互讓，在兼顧各方利益的基礎上，自行達成和解或者調解協議。第九條當事人可以向村民委員會、居民委員會及其人民調解委員會申請調解；村民委員會、居民委員會及其人民調解委員會也可以主動調解。第十條村民委員會、居民委員會、人民調解委員會應當組織權屬爭議雙方進行協商，做好說服教育工作，促成和解或者達成調解協議。
鄉鎮人民政府、司法所應當對村民委員會、居民委員會及其人民調解委員會調解土地、林木、水利權屬糾紛給予指導和幫助。
基層人民法院對土地、林木、水利權屬糾紛的調解提供業務指導。第十壹條土地、林木、水利權屬糾紛，經村民委員會、居民委員會或者人民調解委員會調解不能達成協議的，由鄉鎮人民政府組織調解。
爭議雙方不在同壹鄉鎮的，由最先接受調解的鄉鎮人民政府負責組織調解，相關鄉鎮人民政府予以配合。第十二條各級人民政府處理土地、林木、水利權屬爭議，行政復議機關在審理土地、林木、水利權屬爭議時應當先行調解，並將調解貫穿於受理、處理、裁決的全過程。第十三條土地、林木、水利權屬爭議的調解程序適用有關法律、行政法規的規定。第十四條土地、林木、水利權屬爭議當事人達成和解協議的，應當制作和解協議書，經當事人簽名、蓋章或者按手印後生效。
土地、林木、水利權屬糾紛通過人民調解或者行政調解達成調解協議的，應當制作調解協議書。調解協議自雙方當事人簽名、蓋章或者按指印，調解員簽名、調解組織蓋章之日起生效。
經人民調解委員會調解達成調解協議後，權屬爭議當事人認為有必要的，可以自調解協議生效之日起三十日內向人民法院申請司法確認。第三章確權、管轄和處理第十五條個人之間、個人與單位之間的土地權屬爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。
單位之間的土地權屬爭議，由縣級以上人民政府處理。