主管海關負責轄區內國境口岸食品衛生的監督管理。第四條海關對食品生產經營單位實施衛生許可管理。
海關對口岸食品衛生監督管理實行風險分析和分級管理。第五條主管海關按照國家有關食品衛生標準對國境口岸的食品衛生實施監督管理。尚未制定國家標準的，可以按照相關標準進行衛生監督管理。第二章食品生產經營單位的許可管理第六條食品生產經營單位在新建、擴建、改建時，應當接受當地海關的衛生監督。第七條食品生產經營單位在從事口岸食品生產經營活動前，應當向所在地海關申領《中華人民共和國國境口岸衛生許可證》(以下簡稱《衛生許可證》)。第八條申請衛生許可證的食品生產經營單位應當符合下列衛生條件:
(壹)有與食品生產經營活動相適應的營業場所、衛生環境、衛生設施和設備；
(二)餐飲業應當制定符合餐飲加工經營衛生安全要求的操作規範，以及保證餐飲加工經營質量的管理制度和責任制度；
(三)有健全的衛生管理組織和制度；
(四)從業人員無有礙食品衛生安全的傳染病；
(五)從業人員具備與其從事的食品生產經營工作相適應的食品衛生安全常識。第九條食品生產經營單位申請衛生許可證時，應當向海關提交下列材料:
(壹)衛生許可證申請書；
(2)營業執照復印件(領取後提交)；
(三)內部衛生管理組織、制度和機構情況；
(四)生產經營場所平面圖和生產工藝流程圖；
(五)原料構成、生產設備信息、衛生設施和產品包裝材料；
(六)食品生產單位提交的生產用水衛生檢驗報告；
(七)產品衛生標準、產品標識、產品衛生檢驗結果和安全衛生控制措施；
(八)其他需要提交的相關材料。第十條主管海關應當按照要求對申請材料進行審核，確定材料是否齊全、是否符合有關規定，作出受理或者不予受理的決定，並出具書面證明。提交材料不齊全或者不規範的，應當當場或者在受理後5日內告知申請人補正。逾期不告知的，自收到申請材料之日起即為受理。
主管海關受理食品生產經營單位的申請後，應當對申請材料進行審查，並按照海關總署的規定進行現場衛生許可評估和量化評分。
主管海關根據材料審查、現場評審和評分結果，自受理之日起20日內(現場評審時間最長不超過1個月的除外)對食品生產經營單位作出批準或者不批準的決定，並自作出決定之日起10日內向申請人發放或者交付衛生許可證。
《衛生許可證》有效期為4年。食品生產經營單位需要延長衛生許可證有效期的，應當在衛生許可證有效期屆滿前30日內向主管海關提出申請。第十壹條在衛生許可證有效期內，食品生產經營單位變更生產經營項目、變更法人、變更名稱、遷址、改建、擴建或者新建項目時，應當向作出衛生許可證決定的海關報告。第十二條食品生產經營單位停業的，應當向作出衛生許可決定的海關辦理註銷手續，並交回衛生許可證。第十三條食品生產經營單位向異地食品生產經營單位提供食品和食品用產品時，可以將有效的衛生許可證向所在地海關備案。第三章從業人員健康管理第十四條從業人員必須每年進行健康檢查，取得健康證明。新員工和臨時員工上崗前必須進行健康檢查。第十五條海關負責監管、指導和協助口岸食品生產經營單位的人員培訓和考核。
員工應具備食品衛生常識和食品法律法規知識。第四章食品衛生監督管理第十六條食品生產經營單位應當健全食品衛生管理制度，配備專職或者兼職食品衛生管理人員，加強對生產經營食品的檢驗。