本規定所稱航道工程建設，是指為改善航道條件而建設的新航道和航道整治、航道疏浚、航運樞紐、通航建築物等工程及其配套設施。第三條交通運輸部主管全國水運工程建設的行業管理，具體負責中央財政管理的水運建設管理。
交通運輸部具體負責中央財政渠道的建設和管理，可以委托交通運輸部設立的負責渠道管理的機構和省級人民政府按照規定確定的負責渠道管理的部門或者機構負責。
縣級以上地方人民政府交通主管部門按照省、自治區、直轄市人民政府的規定，主管本轄區的航道工程建設管理工作。第四條航道工程建設應當堅持生態優先、綠色發展，遵守法律、行政法規關於建設工程質量管理、安全管理和生態環境保護的規定，符合航道規劃，執行相關國家標準、行業標準和技術規範，並依法辦理相關手續。第五條鼓勵水運工程建設采用新技術、新設備、新工藝、新材料，實施工程質量和安全標準化管理，加強施工安全風險管控和應急能力配置，科學組織施工。第二章建設程序管理第六條水運工程建設項目應當按照國家規定的建設程序進行。除國家另有規定外，不得擅自簡化基本建設程序。第七條政府投資的水運工程建設項目壹般應當執行下列基本建設程序:
(壹)根據相關規劃，開展預可行性研究，編制項目建議書；
(二)根據批準的項目建議書，進行可行性研究，編制可行性研究報告；
(三)根據批準的可行性研究報告，編制初步設計文件；
(四)根據批準的初步設計文件，編制施工圖設計文件；
(五)辦理施工圖設計審批手續；
(六)按照國家有關規定，依法辦理開工前相關手續，具備開工條件後開工建設；
(七)組織項目實施；
(八)工程竣工後，編制竣工資料，做好工程竣工驗收的準備工作；
(九)組織竣工驗收。第八條企業投資的水運工程建設項目應當執行下列基本建設程序:
(壹)根據計劃，編制項目申請或填寫備案資料，履行核準或備案手續；
(二)根據批準的項目申請或備案資料，編制初步設計文件；
(三)根據批準的初步設計文件，編制施工圖設計文件；
(四)辦理施工圖設計審批手續；
(五)按照國家有關規定，依法辦理開工前相關手續，具備開工條件後開工建設；
(六)組織項目實施；
(七)工程竣工後，編制竣工資料，做好工程竣工驗收的準備工作；
(八)組織竣工驗收。第九條交通運輸部負責審批中央管理的水運工程建設項目的項目建議書和可行性研究報告。項目建議書、可行性研究報告的編制和委托咨詢應當按照有關規定執行。第十條交通運輸部負責中央財政管理的水運工程建設項目初步設計的審批。
縣級以上地方交通主管部門按照規定的職責負責其他水運工程建設項目的初步設計審批。第十壹條由交通運輸部負責審批的航道工程建設項目初步設計，項目單位應當按照國務院規定向交通運輸部設立的負責航道管理的機構或者項目所在地省級交通運輸主管部門提出申請。
交通運輸部按照國務院或者省級交通運輸主管部門的規定設立的航道管理機構應當自收到上述申請材料之日起3個工作日內將相關材料轉發交通運輸部。
其他水運工程建設項目的初步設計審批，項目單位應當向有審批權限的縣級以上地方交通運輸主管部門提出申請。第十二條項目單位申請水運工程建設項目初步設計審批，應當提供以下材料:
(壹)申請文件；
(二)初步設計文件；
(三)經批準的可行性研究報告，或經批準的項目申請，或備案證明。第十三條編制水運工程建設項目初步設計文件，應當符合下列要求:
(壹)建設規劃符合相關航道和港口規劃；
(二)建設規模、標準和主要建設內容符合項目審批、核準文件或備案資料；
(三)設計符合相關技術標準，編制的格式和內容符合水運工程設計文件編制的要求。