水利、水電、漁業、地礦、公路、鐵路、林業、公安、城建、環保、港航監督等有關部門應當依照法律法規履行各自職責，做好航道管理工作。第五條專用航道由專門部門負責建設、維護和管理，並接受航運部門的業務指導和監督。第二章航道規劃和建設第六條所有通航河流、通航湖泊應當編制航道發展規劃，按照國家規定的權限報經批準後實施。
航道發展規劃應本著統籌規劃、綜合利用的原則，結合水利、水電、鐵路、公路和水運發展規劃，並應符合國家批準的水資源開發利用規劃和防洪規劃。在城市規劃區內，航道發展規劃還應符合城市總體規劃。第七條航道開發建設應嚴格按照國家批準的規劃進行，各級人民政府在航道建設上應給予鼓勵和支持。第八條各級水利水電部門在編制與航運有關的流域規劃和水利水電工程規劃及其工程設計時，應當事先征求同級航道主管部門的意見。
航道部門編制渠化河流、通航河流、規劃通航河流和人工運河發展規劃，設計與水利水電有關的航道工程，應當符合河流、湖泊流域和區域綜合規劃，並事先征求同級水利水電部門的意見。第九條航道管理機構進行航道建設，應當符合航運發展規劃和航道技術水平，遵守國家有關法律、法規和基本建設程序的規定。第十條因建設需要拆除違法設施和構築物的，業主應當在航運部門限定的範圍內自行拆除。第十壹條建設工程的設計和施工應當符合國家有關技術標準和規範，符合防洪、防洪安全和環境保護的要求。第十二條修建航道及其設施不得危及水利水電工程、跨河建築物和其他設施的安全。
因修建航道及其設施造成水利水電工程、過江建築物和其他設施損壞的，建設單位應當予以賠償或者修復。第三章航道保護第十三條航道受國家保護，任何單位和個人不得侵占或者破壞。
公民、法人和其他組織有依法使用航道的權利和愛護航道的義務。第十四條航運部門應當加強航道維護管理，及時發布航道通告，保證規定的航道規模，保持航道設施處於良好的技術狀態，確保航道暢通。第十五條任何單位和個人不得非法阻撓航道測量、設置航標、測量標誌和航道整治活動，確保航道暢通，不得非法索要費用。第十六條在通航河流、湖泊上整治河道、引水灌溉、開發利用灘塗、岸線，應當符合國家規定的通航標準和有關防洪技術要求，不得影響航道尺度和惡化通航條件。建設單位或個人應將有關工程設計報送航道部門和河道部門審批。第十七條在通航河流、湖泊的水面、水面、水下和岸線上修建或者設置下列與通航有關的工程和設施，應當事先征求航運部門的意見，涉及有關部門的，應當報經有關部門辦理相關手續:
(壹)修建攔河大壩和水電站；
(二)碼頭、棧橋、護岸、水工建築物、碼頭、滑道、涵洞、排水口、泵站、護岸、渡口、錨地、駁船、貯木場、遊泳池、養殖場等的建造和安裝。
(三)修建橋梁、隧道、渡槽以及埋設或者架空電纜、管道；
(四)修建其他遮擋、臨、跨、越河道的建築物或者設施。第十八條本條例第十七條所列建設項目和設施，建設單位應當通知航運部門參與監督放行。工程竣工前，建設單位應當按照通航要求及時清除遺留物。工程竣工後，航運部門應參與驗收。第十九條在通航河流、湖泊或者人工河道上修建永久性攔河閘壩，建設單位應當同時修建相應規模的過船建築物，並承擔建設費用。
在規劃通航河流上修建永久性堤壩、橋梁和跨河電纜，應當符合規劃航道等級的通航標準，並事先征得航運部門同意。
在攔河閘壩工程施工期間，確需中斷通航的，應當事先征得航運部門和其他有關部門的同意，並由航運部門會同港監部門聯合發布公告。