本條例所稱基本農田保護區，是指依照法定程序劃定的對基本農田進行特殊保護的區域。第三條本條例適用於基本農田保護區的劃定、保護和監督管理；本條例沒有規定的，適用《中華人民共和國土地管理法》和其他有關法律法規。第四條基本農田保護應當貫徹全面規劃、合理利用、利用與維護相結合、嚴格管理的原則。第五條縣級以上地方人民政府應當將基本農田保護納入國民經濟和社會發展規劃，作為政府領導任期目標責任制的重要內容，並由上壹級人民政府監督實施。第六條任何單位和個人都有保護基本農田的義務，並有權檢舉和控告侵占、破壞基本農田等違反本條例的行為。第七條國務院土地管理部門和國務院農業行政主管部門按照本條例和國務院規定的職責分工，負責全國基本農田的保護和管理工作。
縣級以上地方人民政府土地管理部門、農業行政主管部門按照本條例和本級人民政府規定的職責分工，負責本行政區域內的基本農田保護管理工作。
鄉級人民政府負責本行政區域內基本農田的保護和管理工作。第八條國家對保護基本農田成績顯著的單位和個人給予獎勵。第二章劃定第九條國務院土地管理部門、國務院農業行政主管部門應當會同有關部門編制全國基本農田保護區規劃，報國務院批準。
縣級以上地方人民政府土地管理部門和同級農業行政主管部門應當會同其他有關部門，根據上壹級人民政府的基本農田保護區規劃，制定本行政區域內的基本農田保護區規劃，經同級人民政府審核後，報上壹級人民政府批準。
鄉級人民政府應當根據縣級人民政府基本農田保護區規劃，編制本行政區域內的基本農田保護區規劃，報縣級人民政府批準。
經批準的基本農田保護區規劃需要調整的，必須經原審批機關批準。第十條基本農田保護區規劃應當依據土地利用總體規劃和農業資源調查區劃，並與城市規劃和鄉村建設規劃相協調。第十壹條各級人民政府在編制基本農田保護區規劃時，應當確定基本農田保護的量化指標和布局安排，並逐級分解。第十二條下列耕地原則上應納入基本農田保護區:
(壹)國務院有關主管部門和縣級以上地方人民政府批準的糧、棉、油和名、優、特、新農產品生產基地；
(二)高產穩產田，水利和水土保持設施良好的耕地，已經治理改造並正在實施改造計劃的中低產田；
(3)大中城市蔬菜生產基地；
(四)農業科研和教學試驗田。第十三條劃定為基本農田保護區的耕地分為以下兩級:
(壹)生產條件好、產量高、長期占用的耕地劃為壹級基本農田；
(二)規劃期內不得占用的生產條件好、產量高的耕地，劃為二級基本農田。第十四條基本農田保護區的區劃和劃定以鄉(鎮)為單位進行，由縣級人民政府土地管理部門會同同級農業行政主管部門組織實施。
劃定的基本農田保護區由縣級人民政府標明並公布，縣級人民政府土地管理部門建立檔案，並抄送同級農業行政主管部門。任何單位和個人不得破壞或者擅自改變基本農田保護區的保護標誌。
基本農田保護區劃定後，縣級人民政府的上壹級人民政府應當組織驗收。第十五條基本農田保護區內不得隨意變更原承包方的承包經營權。第十六條劃定基本農田保護區的技術規程，由國務院土地管理部門會同國務院農業行政主管部門制定。第三章保護第十七條基本農田保護區壹經劃定，任何單位和個人不得擅自改變或者占用。國家能源、交通、水利等重點建設項目不能避開基本農田保護區。需要占用基本農田保護區耕地的，必須按照《中華人民共和國土地管理法》規定的審批程序和審批權限，向縣級以上人民政府土地管理部門提出申請，經同級農業行政主管部門簽署意見後，報縣級以上人民政府批準。
前款所列建設項目占用壹級基本農田不足五百畝的，必須報省、自治區、直轄市人民政府批準；占用壹級基本農田500畝以上的，必須報國務院批準。