太湖流域分為三級保護區:太湖水體、沿湖岸邊5公裏區域、入湖河流上遊10公裏、兩岸1公裏為壹級保護區；入湖主河道上遊50公裏和兩岸沿岸1公裏為二級保護區；其他地區為三級保護區。第三條太湖水汙染防治實行預防為主、防治結合、統壹規劃、綜合整治的方針，實行誰汙染誰治理、誰開發誰保護的原則。第四條省人民政府環境保護部門主管太湖水汙染防治工作。
省人民政府太湖水汙染防治委員會(以下簡稱委員會)負責協調解決太湖水汙染防治的重大問題，監督檢查太湖水汙染防治工作，行使省人民政府授予的其他職權。第五條省人民政府環境保護部門應當會同省人民政府計劃單列市人民政府商經濟、水利、建設等部門。根據全國太湖流域水汙染防治目標，制定全省水汙染防治規劃和水汙染物排放總量(以下簡稱排放總量)控制計劃，經委員會批準並報省人民政府批準後實施，並納入本省國民經濟和社會發展計劃。第六條太湖流域市、縣(市)人民政府應當根據上級人民政府制定的太湖水汙染防治和總量控制規劃，組織制定本行政區域內的太湖水汙染防治和總量控制規劃，並納入國民經濟和社會發展計劃。第七條太湖流域的壹切單位和個人都必須遵守本條例，並有權對汙染和破壞水環境的單位和個人進行檢舉和控告。
在太湖水汙染防治工作中做出顯著成績的單位和個人，由縣級以上地方人民政府或者有關部門給予表彰和獎勵。第二章監督管理第八條太湖流域的市、縣(市)人民政府對本行政區域內的水環境質量負責，必須采取有效措施，保證太湖水汙染防治規劃和目標的實現。
太湖流域設區的市、縣(市)人民政府應當定期向上壹級人民政府和同級人民代表大會常務委員會報告太湖水汙染防治情況。第九條太湖流域市、縣(市)人民政府環境保護部門對太湖水汙染防治實施統壹監督管理。
太湖流域設區的市、縣(市)人民政府的水利、交通、建設、農業、林業、水產、土地、地質礦產、衛生、工商等部門應當各司其職，配合環境保護部門對太湖水汙染防治實施監督管理。
太湖流域市、縣(市)人民政府的計劃、經濟貿易、商業、旅遊及相關行業主管部門，應當根據同級人民政府制定的太湖水汙染防治規劃，按照各自的職責，制定並實施本部門的工作計劃。第十條省太湖環境監測中心站負責對太湖、入湖河流入湖口和設區的市邊界的水質進行監測，並定期向我委和有關部門報告水質狀況。第十壹條省人民政府環境保護部門應當制定太湖汙染物排放標準、太湖流域市縣水質標準和入太湖河流汙染物總量控制指標，報省人民政府批準後實施。第十二條省人民政府環境保護部門應當會同省人民政府計劃經濟部門和有關行業主管部門，擬定太湖流域禁止和嚴格限制的行業和產品名錄，報省人民政府批準後，由委員會審定並公布。第十三條縣級以上地方人民政府環境保護部門在審批向水體排放汙染物的建設項目的環境影響報告書(表)時，不得超過本行政區域的排放總量控制指標。
在環境影響報告書(表)中，應有建設項目所在地單位和居民的意見。
壹級保護區內建設項目的環境影響評價書(表)應當報上壹級人民政府環境保護部門備案。第十四條基本建設項目、技術改造項目和區域性開發建設項目，必須經縣級以上地方人民政府環境保護部門審核後，方可批準。環保部門必須在10天內做出審核意見。逾期未作答復的，視為同意。
未經縣級以上地方人民政府環境保護部門審核或者未經有關部門批準的建設項目，不得批準。第十五條建設項目中防治水汙染的設施必須與主體工程同時設計、同時施工、同時投入使用。水汙染防治設施必須經縣級以上地方人民政府環境保護部門檢驗。設施達不到規定要求的，建設項目不得投入生產或者使用。
未經批準，不得拆除或者閑置防治汙染的設施。