主管海關負責轄區內進出口水產品的檢驗檢疫和監督管理。第五條海關依法對進出口水產品實施檢驗檢疫、監管和抽查，根據監管需要和海關總署的有關規定，對進出口水產品生產加工企業(以下簡稱生產企業)實行信用管理和分類管理制度。第六條進出口水產品生產企業應當依照法律、行政法規和相關標準從事生產經營，對社會和公眾負責，保證水產品質量安全，接受社會監督，承擔社會責任。第七條海關總署對進出口水產品檢驗檢疫發證機構實行備案管理制度，未經備案的不予發證。第二章進口檢驗檢疫第八條進口水產品應當符合中國法律、行政法規和食品安全國家標準的要求，以及中國與輸出國家或者地區簽訂的有關協議、議定書、備忘錄中的檢驗檢疫要求和貿易合同中的檢疫要求。
進口沒有食品安全國家標準的水產品，海關按照國務院衛生行政部門暫時適用的標準進行檢驗。第九條海關總署應當根據法律、行政法規的規定、食品安全國家標準的要求、國內外水產品風險分析結果、計劃向我國出口水產品的國家或者地區質量安全管理體系有效性評估結果，制定並公布我國進口水產品的檢驗檢疫要求；或者與擬向我國出口水產品的國家或地區簽訂檢驗檢疫協議，確定檢驗檢疫要求和相關證書。第十條海關總署應當對向中國出口水產品的出口商或者代理商進行備案，並定期公布獲得資格認可的境外生產企業和備案的出口商、代理商名單。
進口水產品的境外生產企業的註冊管理按照海關總署的有關規定執行。第十壹條海關應當對進口水產品收貨人進行備案。已實施備案管理的收貨人可以辦理水產品進口手續。第十二條進口水產品收貨人應當建立水產品進口和銷售記錄制度。記錄應當真實，保存期限不得少於兩年。第十三條海關總署對進口兩棲爬行動物、水生哺乳動物和其他安全衛生風險高的水產品實行檢疫審批制度。上述產品的收貨人應在簽訂貿易合同前辦理檢疫審批手續，並取得《進境動植物檢疫許可證》。
海關總署可以根據需要並按照有關規定，派員赴出口國家或者地區對進口水產品進行預檢驗。第十四條水產品進口前或者進口時，收貨人或者其代理人應當持輸出國家或者地區出具的檢驗檢疫證書、原產地證書、貿易合同、提單、裝箱單、發票等單證原件，向進口口岸海關申報查驗。
進口水產品隨附的輸出國家或者地區官方檢驗檢疫證書應當符合海關總署對證書的要求。第十五條海關應當對收貨人或者其代理人提交的有關單證進行審核，符合要求的，應當受理報檢並核銷檢疫數量。第十六條進口水產品應當存放在冷庫或者海關指定的其他場所。進口口岸應當有與進口水產品數量相適應的冷庫。冷庫應當符合進口水產品冷庫的檢驗檢疫要求。第十七條進口水產品的運輸工具和集裝箱應當在進口口岸海關監管下實施防疫消毒。未經海關許可，進口水產品不得擅自卸離運輸工具和集裝箱。第十八條進口口岸海關應當按照規定對進口水產品實施現場檢驗檢疫。現場檢驗檢疫包括以下內容:
(壹)查驗證件，查驗貨物；
(二)檢查包裝是否符合進口水產品包裝的基本要求；
(三)對易發生植物病蟲害的進口鹽(幹)水產品實施植物檢疫，必要時實施除害處理；
(四)檢查貨物是否腐敗，是否含有異物，是否幹燥，是否有過多的血冰冰霜。