維護農民土地合法權益的方法如下:
首先，明確農民集體土地的具體所有權。
土地所有權是壹種完整的財產權，包括占有、使用、收益和處分的權力，只有物權主體才具有完整的所有權。
要明確界定農民集體經濟組織的主體地位，承認農民集體與其他社會法人壹樣具有市場主體地位。通過修改相關法律，明確規定農民集體土地是神聖不可侵犯的財產，強化農民對土地的所有權和處置權，從根本上保護農民的土地權益。
第二，完善土地承包經營權權能。
通過完善土地承包經營權權能，依法保障農民對承包土地的占有、使用和收益權利。新的土地登記辦法於2008年2月1日生效，突出了平等對待城市和農村土地權利的產權保護。
明確規定依法登記的國有土地使用權、集體土地所有權、集體土地使用權、土地抵押權、地役權受法律保護，任何單位和個人不得侵犯。應當按照法律的有關規定執行。
第三，建立和完善土地承包經營權流轉市場。
土地承包經營權流轉本質上是壹種市場行為。流轉的主體是農民而不是幹部，流轉的機制是市場而不是政府。在土地承包經營權流轉中，政府的主要職能是提供公共服務和進行市場監管，工作重點應放在兩個方面:壹是加強土地承包經營權流轉的管理和服務。二是改善土地承包經營權流轉的外部環境。
政府在土地承包經營權流轉中要充分發揮提供公共服務和進行市場監管的職能。
第四，推進征地制度改革，完善征地補償機制。
1，嚴格界定公益性和經營性建設用地，逐步縮小征地範圍。
2.建立合理的征地補償和利益共享機制。
3.在征地過程中，要保障農民的知情權、參與權、監督權和申訴權，逐步建立和完善征地補償糾紛的協調和裁決機制，為被征地農民提供法律援助。
保護農民土地合法權益的內容:
1.確保農民有權種植土地，
1.嚴格控制征地和違法用地是保證農民有地的關鍵。
2.是保證農民有地的保障。
二、確保農民有公平的土地流轉收入。
要保證農民從土地流轉中獲得公平的收入，最重要的是賦予農民單方面要求改變土地流轉費用條款的權利。農民可以提出將無償流轉改為有償流轉或者調整土地流轉費用的數額。
如果不讓農民增加承包費或轉包費，實際上就是剝奪了他們應有的利益。受讓人不願意增加承包費或者轉包費的，可以把土地退給農民。這並不損害受讓方的合法權益。
第三，保障農民參與集體土地事務的權利，
村民自治是保障農民參與集體土地事務權利的基本保障。集體所有權本質上歸集體組織成員所有，對集體土地的占有和支配最終是集體成員的行為。任何集體組織的成員都與集體土地有著不可分割的利益關系。
在土地分配中，土地的承包經營權可以由家庭取得，作為集體組織成員，參與土地流轉、宅基地和集體土地收益分配是集體成員的權利。
第四，保障特殊群體農民的合法土地權益，
農民這壹特殊群體主要是指農村已婚婦女、離婚婦女、適齡未婚婦女、已婚未育婦女、嫁出本村的“已婚婦女”、女婿等人及其子女。
這些人在集體組織中人數較少，受風俗習慣影響，在集體利益分配中難以與大多數村民競爭，處於“弱勢”地位，土地權益最容易受到侵犯。要在法律上對農民這壹特殊群體給予特殊照顧。