人事部:組織實施幹部人事制度和稅務人才隊伍建設規劃，制定具體實施方案；承辦人事、機構編制和公務員管理工作；承擔工資、人事檔案和專業技術職務的管理工作；承擔對下壹級領導班子和領導後備幹部的管理、考核和監督；監督檢查本系統幹部人事規章制度的執行情況；辦理出國政審。
思想政治工作辦公室:組織實施本系統的思想政治工作、精神文明建設、稅收文化建設和基層建設；承擔本系統的黨建工作；制定並組織實施人才培養、學歷教育管理制度、工作規劃和年度計劃；組織培訓質量評估和評價；承擔教育培訓項目的開發和管理；承擔教育培訓經費管理和培訓機構的業務管理；指導和檢查本系統的教育培訓工作。
監察室:組織實施紀檢監察和行政監察制度，制定具體實施辦法；監督檢查本系統各級機關和工作人員貫徹執行黨的路線方針政策，遵守國家法律、法規和部門規章的情況；監督檢查本系統各級領導班子及其成員維護黨的紀律、執行民主集中制、選拔任用幹部、落實黨風廉政建設責任制和勤政廉政建設情況；組織協調本系統黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的舉報、投訴和相關申訴；查處本系統工作人員的違法違紀案件和其他重要案件；開展執法監督和整改工作。
檢查辦公室和檢查員內審辦公室:組織檢查制度的實施，制定具體實施措施；擬定年度檢查工作計劃，組織檢查工作；監督檢查下壹級領導班子和領導幹部執行政治紀律、組織紀律、群眾工作紀律和黨風廉政建設的情況；落實、協調和監督幹部監督聯席會議領導小組議定和決定的事項。
組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗貨物采購審計和領導幹部經濟責任審計；組織實施稅收執法責任制、稅收執法過錯責任追究制，承擔稅收執法質量評估；檢查人員執行稅收執法檢查結論和各項審計結論。
政策法規司:制定並組織實施本系統依法行政和依法治稅工作計劃；組織協調涉及多個稅種的綜合稅收政策的實施；組織開展綜合性稅收政策研究；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核，定期進行清理、評估和反饋；承辦局外多稅種、綜合性稅收政策文件工作；牽頭審理重大稅收案件，規範稅務行政審批；承辦稅收規範性文件的備案備查工作；辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件；組織反補貼案件的應訴。
納稅服務部:組織、協調、指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施納稅信用體系建設；指導稅務糾紛的調解；組織實施對納稅人的稅法宣傳。
組織實施涉及財產和行為、各種稅收和教育費附加的稅收業務管理，制定具體征管辦法；處理有關法律法規實施中的壹般性問題；引導財產和行為、各種稅收和教育費附加的征收管理。
稅收征管和科技發展司:組織實施綜合性稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；研究提出完善專業化征收管理和稅收征管法規的建議；組織實施稅收征管數據管理和應用方法、綜合納稅評估方法，承擔稅收征管質量評估、風險管理和稅收征管因素分析；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控裝置推廣應用等工作。組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。組織實施稅收管理信息化建設的規劃、方案和制度；組織實施本系統信息技術系統的建設、監督和驗收；承擔稅收管理信息化建設項目的立項、技術標準、業務要求和資金使用管理；承擔稅收管理信息系統的建設、監督和檢查。
貨物和勞務稅辦公室:組織實施增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理貨物和勞務稅的具體業務問題；組織實施相關稅種的納稅評估和稅源管理；管理增值稅專用發票；指導商品和服務稅的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
所得稅部門:組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金(費)的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理所得稅類別的具體業務問題；組織實施納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等措施；指導相關所得稅稅種的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
國際稅收管理:指導、協調、檢查有關稅收法律法規和國(地區)間稅收協定、安排的實施；組織實施非居民企業所得稅征管制度，辦理國(境)外相關稅務事宜；牽頭組織實施特別納稅調整，解釋和處理具體業務問題；管理機關和系統的外事工作。
進出口稅收管理辦公室:組織實施進出口貿易稅收管理，制定稅收管理具體實施辦法；參與編制年度出口退(免)稅計劃，下達年度退稅計劃；組織實施出口退稅管理；監督檢查進出口稅收政策的執行情況。
收入計劃會計部:牽頭編制年度稅收計劃、出口退(免)稅計劃，下達年度減免稅和轉移計劃；監督檢查納稅和退稅情況；組織稅收收入分析預測、稅收收入能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；組織實施稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關制度；承擔稅收數據的綜合管理和應用，對外發布稅收數據。
財務管理辦公室:制定財務管理和基建管理辦法；審核和編制部門預算和決算；組織實施會計核算基本規範，分析評估稅收成本；組織實施國庫集中支付，辦理具體支付事項；組織實施本系統資產的購置、占有、使用、處置和清理；負責服裝管理。
組織實施政府采購規章制度，制定具體實施辦法和操作規程；擬定年度采購計劃，辦理具體采購事宜；規範本系統政府采購業務管理，防範和化解采購風險。
機關黨委辦公室:負責機關及直屬單位黨群工作；承擔機關精神文明建設和機關思想政治工作；承擔入黨積極分子和黨員發展的教育、培訓和考察工作；承擔機關統戰工作。
離退休幹部部:承擔離退休幹部的服務和管理工作；監督、檢查和指導本系統的離退休幹部工作；組織離退休幹部工作經驗交流，協調本系統離退休幹部活動。信息中心:承擔本系統信息化建設的技術服務、技術支持和技術保障；承擔稅收管理信息系統的運行和維護；組織本系統技術基礎設施的建設管理和運行維護；參與制定稅收管理信息化建設規劃和實施計劃，參與稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等工作；組織本系統的信息安全管理和實施。
代理服務中心:承擔代理後勤事務的管理、保障和服務，制定代理事務的具體工作制度，組織實施和監督檢查；參與機構後勤系統的改革；指導本系統的物流服務。
稅務科學研究所:制定並組織實施本系統的稅收研究工作計劃和方案；承擔稅收基礎理論、應用理論和專題研究工作；收集和整理稅務信息；編輯內部稅務期刊和地方稅務記錄。
註冊稅務師管理中心:組織實施註冊稅務師行業管理政策和制度，承擔行業資格、資格考試、考試和培訓工作；監督檢查行業的執業情況。
青海省稅務幹部學校:承擔稅務系統教育培訓實施工作。