東京大學有10個系(本科)。
(1)法律系是東軟大學歷史最悠久、最負盛名的系，日本歷史上許多政治人物都出自該系。
②自然科學相關學科5個系，有美國研究信息中心、語言文化中心、數理科學實驗室等。
③內科有內科和保健護理兩個科室，以外科尤其是腦外科聞名。
④科學部下設數學、信息科學、物理、天文、地球物理、化學、生物化學、生物科學、地球科學9個系，附屬系有臨海實驗場、植物園、國際基本粒子物理中心、光譜化學研究中心、地殼化學實驗室、天文教學研究中心。
⑥工程系是東京大學最大的系，包含23個系109個講座，幾乎涵蓋了當地的工程學科。
⑦藥學系僅含藥學和藥物化學兩個系，附設藥用植物園。
農業部設置農業生物學、農業化學、林學、水產、農業經濟學、農業工程、獸醫學和林產學8個系，並設有農場、實習林場、牧場、獸醫醫院、水產試驗田、綠色植物試驗田等附屬實驗設施。
⑨矯正署，1級和2級，所有人在矯正署學習壹般矯正科目。到了初三，我們開始根據成績選擇要升的院系和學科。這個專業在碩士階段是綜合文化研究。別忘了教育部門。
東京大學的文科從文科1 ~3，從理科1 ~3分為六類。每個類別和對應的可以晉升的院系如下:文科1對應法學系，2對應經濟系，3對應文學系和教育系。理科1對應工學部、理學部、藥學部、農學部，2對應藥學部、醫學部護理學科，3對應醫學部藥學部。
日本東京大學的辦學模式
東京大學主校區位於東京都文京區家鄉，占地40公頃，全大學大部分機構都設在這裏。此外，將在木黑區的科馬科建設新校區，懲教署和生產技術研究所就設在這裏。
由於東京大學的校區不同，教育內容和研究內容也不同。按教育內容主要分為實行專業教育的木黑區小松校區、文京區家鄉校區和只進行研究生教育的千葉縣公園校區。東京大學醫學科學研究所位於港區白金臺。根據研究內容，有研究傳統學術領域的家鄉校區、跨學科研究的駒子校區、新學術領域的柏樹校區。這種校區分離制度對於其他經常按院系劃分校區的大學來說並不多見；日本在招生初期開設教育課程的大學並不多。
東京大學仍然是學院制大學，其校區實際上可以稱為駒子學院、故鄉學院和柏樹學院。每個學院都有很大的自主權，教學時間也不壹樣。另壹方面，學生在選修課的選擇上有很大的自由度，大學的課程都可以上。
如上所述，重視教養教育是東京大學教育的最大特點。育兒教育作為育兒系的預備課程教授，但東京大學的所有專業、研究生和研究生教師都參與教學。在日本文部科學省主辦的“特別壹攬子大學支援項目”中，東京大學申請了“促進研究生院教育與高級研究的創造性合作”項目，可見東京大學對教育的高度重視。
育兒教育分為課前和課後，基本包括文理各專業。之前的課程涵蓋語言、法律與政治、經濟、歷史、文化人類學、物理、化學、生物、數學等等。後面的課程是在前面課程的基礎上提煉出來的。教育課程可以說基本上是綜合素質教育。
與其他大學相比，東京大學的必修課相對較少，而另壹方面，東京大學的選修課卻令人眼花繚亂。而且不管年級和專業，只要時間允許，學生可以根據自己的興趣和需求選擇任何課程。物理學專業的學生可以選修世界史，教育學專業的學生可以選修計算機...在東京大學，文科生和工科生，新生和博士生出現在同壹個教室是很正常的。因為學生的專業角度和深度多種多樣，經常會碰撞出思維的火花，所以東京大學的每壹次課堂討論都非常值得期待。
這種扁平化的課程設置可以說是東京大學的又壹特色，這得益於新世紀東京大學教學思維的轉變。